问题标签 [dendextend]

我正在尝试使用dendextend修改和调整集群树状图，使用以下代码：

请问如何为特定的 K 集群设置 branch_lty？

另外，我想修改离开文本并将其对齐到给定的长度和缩进，如图所示。

我附上一张示例图片以查看，我无法使用 dendextend 包实现它。

注意：

我可以使用 A2Rplot 绘制它，但我无法修改它。可以同时使用吗？

我正在尝试提取circlize_dendrogram. 这是一个示例代码：

以便使用 提取列表中的集群cutree(dend, k = 5)。有没有办法根据给定的提取树状图中簇的颜色cols？grid我需要它来使用包在图中插​​入图例。

示例，图例：簇 1 - #009000; 集群 2 - #FF033E; 集群 3 - #CB410B; 集群 4 - #3B444B; 集群 5 - #007FFF。的问题circlize_dendrogram是用于集群的颜色顺序不同。

虽然我可以手动执行此操作，但如果我可以自动执行此操作会很有效。如果我可以提取集群的颜色，这是可能的。

我正在尝试在树状图下方的彩条中绘制许多属性，并且无法正确定位（即如何调整 y_scale 和/或 y_shift）。默认绘制 25 个颜色条中的 5 个，并设置 y_shift=0.7 确实允许显示所有颜色条，尽管它们覆盖了树状图。

我想知道您将如何更改最后几行以使间距正确，以及您如何提出正确的调整？谢谢！

我正在尝试使用包 dendextend 创建一个树状图。它创建了非常好的 gg 树状图，但不幸的是，当你把它变成一个“圆圈”时，标签跟不上。我将在下面提供一个示例。

我的距离对象在这里：http ://speedy.sh/JRVBS/mydist.RDS

这基本上给了我这样的形象： 太棒了。但是，我想把它变成一个圆圈，所以使用：

我在下面得到这张图。这正是我想要的，但我只需要旋转标签。

任何帮助表示赞赏。我知道在后台dendextend 基本上是创建一些data.frames，然后调用geom_segment()它们geom_text()来创建树状图和标签。我相信我可以按如下方式公开关联的 data.frame：

另一种策略可能是ggplot(labels = FALSE...)在绘图时使用，然后以geom_text()某种方式手动添加，以保留颜色但允许我使用geom_text(angle = ).

我还怀疑各种 ggplot 魔法的某种组合可以让我再次拍摄back.df2和创建第一个和第二个图，而且还可以控制标签的角度。但是，我不知道该怎么做，并且已经使用 dendextend 包构建了很多东西，并且理想情况下希望避免使用任何新包来创建树状图对象，因为我真的很喜欢标签之外的东西！

解决方案

我基于下面 Richard Telford 的解决方案。我首先创建了ggplot.ggdend(). 这与以下答案中提供的相同。接下来我创建了一个函数来自动创建角度和调整向量，以便标签旋转从 6 点钟方向切换到 12 点钟方向以提高可读性。

然后我使用以下代码制作了情节：

这最终产生了这个最终情节！

（我更改了数据中的一些内容，因此图中的某些顺序可能会有所不同）

我第一次构建树状图，并且在标签顶部绘制了簇周围的矩形。你知道如何修改这些标签的位置以避免这种重叠吗？

在这里您可以找到我的代码的一个工作示例：

这是上面代码中的情节：

特别是我想让红色矩形完全包含树状图叶子的标签。

谢谢！

我使用dendextend（vignette）编写了以下MWE：

我在这里所做的只是创建一个距离矩阵，其中包含“d1”中我的标签的所有可能组合以及一些随机值作为距离。

我从 hclust 结果中制作了一个树状图，并将其保存在以下 TIFF 文件中：

如您所见，我已经能够更改“secondcelltype”的分支，但是如果可以的话，我需要帮助来执行以下操作：

1 - 将“secondcelltype”离开节点更改为红色方块

2 - 将“secondcelltype”标签更改为红色（可能是粗体或斜体）

3 - 到处更改字体为 Arial

我真的很感激这里的一些帮助！如果有比使用 dendextend 更好的方法，请告诉我。谢谢！

我正在使用dendextend'stanglegram来比较两个树状图。几乎一切正常，包括为节点标签着色以对应于集群。不起作用的是我希望所有连接线（从一个树状图中的节点标签到另一个树状图中的节点标签）都是黑色的。目前它们的颜色是随机的，因此难以解释。

这是R脚本。令我好奇的是，如果我在 RGui 中运行它，它是正确的（所有连接线都是黑色的），但是 png 有各种颜色的连接线。

我究竟做错了什么？我曾尝试使用common_subtrees_color_lines = FALSEfor tanglegram，但无济于事。

想用 plotly.js制作https://plot.ly/python/dendrogram/ 。可能吗？有没有人在javascript中实现树状图？

这是我的数据

我在这里做什么

它给了我我想要的如下

这里所有组都用黑色显示，并且树状图不是很清楚我想要的是更改每个组的颜色并使用垂直名称而不是数字，最后我希望能够移除 hclust( 。 " ward.D2") 同时根据需要更改 x 标签和 y 标签

我有一个在 R 中导入的 150 个基因的树状图，并且我有一个数据框，它具有与树状图相同的标签，其得分值从 0 到 200，与树状图无关。

例如，我想使用从蓝色到红色的颜色渐变，使用表格中的得分值为树状图的标签着色。我在以下链接中找到了类似问题的答案 如何通过R中的附加因子变量为树状图的标签着色以及如何根据定义的组为树状图的标签着色？（在 R 中）

但是我无法弄清楚如何为我的代码转换示例代码，因为：

1）它们都没有将树状图与标签链接的外部值匹配，
2）我想根据分数分配颜色，而不是随机颜色。

这是我的代码的数据示例

((浣熊:19.19959,熊:6.80041):0.84600,((海狮:11.99700,海豹:12.00300):7.52973,((猴子:100.85930,猫:47.14069):20.59201,黄鼠狼:18.87953):238,646 :25.46154);

（这里我想根据分数来获得颜色的渐变） 这个图是用其他工具生成的，但它是我希望用 R 中的一些渐变颜色工具生成的