我正在尝试使用包 dendextend 创建一个树状图。它创建了非常好的 gg 树状图，但不幸的是，当你把它变成一个“圆圈”时，标签跟不上。我将在下面提供一个示例。
我的距离对象在这里：http ://speedy.sh/JRVBS/mydist.RDS
library(dendextend)
library(ggplot2)
#library(devtools) ; install_github('kassambara/factoextra')
library(factoextra)
clus <- hcut(mydist, k = 6, hc_func = 'hclust',
hc_method = 'ward.D2', graph = FALSE, isdiss = TRUE)
dend <- as.dendrogram(clus)
labels(dend) <- paste0(paste0(rep(' ', 3), collapse = ''), labels(dend))
dend <- sort(dend, decreasing = FALSE)
ggd1 <- ggplot(dend %>%
set('branches_k_color', k = 6) %>%
set('branches_lwd', 0.6) %>%
set('labels_colors', k = 6) %>%
set('labels_cex', 0.6),
theme = theme_minimal(),
horiz = TRUE)
ggd1 <- ggd1 + theme(panel.grid.major = element_blank(),
axis.text = element_blank(),
axis.title = element_blank())
ggd1 <- ggd1 + ylim(max(get_branches_heights(dend)), -3)
这基本上给了我这样的形象：
太棒了。但是，我想把它变成一个圆圈，所以使用：
ggd1 + coord_polar(theta = 'x')
我在下面得到这张图。这正是我想要的，但我只需要旋转标签。
任何帮助表示赞赏。我知道在后台dendextend 基本上是创建一些data.frames，然后调用geom_segment()它们geom_text()来创建树状图和标签。我相信我可以按如下方式公开关联的 data.frame：
back.df1 <- dendextend::as.ggdend(dend)
back.df2 <- dendextend::prepare.ggdend(back.df1)
另一种策略可能是ggplot(labels = FALSE...)在绘图时使用，然后以geom_text()某种方式手动添加，以保留颜色但允许我使用geom_text(angle = ).
我还怀疑各种 ggplot 魔法的某种组合可以让我再次拍摄back.df2和创建第一个和第二个图，而且还可以控制标签的角度。但是，我不知道该怎么做，并且已经使用 dendextend 包构建了很多东西，并且理想情况下希望避免使用任何新包来创建树状图对象，因为我真的很喜欢标签之外的东西！
解决方案
我基于下面 Richard Telford 的解决方案。我首先创建了ggplot.ggdend(). 这与以下答案中提供的相同。接下来我创建了一个函数来自动创建角度和调整向量，以便标签旋转从 6 点钟方向切换到 12 点钟方向以提高可读性。
createAngleHJustCols <- function(labeldf) {
nn <- length(labeldf$y)
halfn <- floor(nn/2)
firsthalf <- rev(90 + seq(0,360, length.out = nn))
secondhalf <- rev(-90 + seq(0,360, length.out = nn))
angle <- numeric(nn)
angle[1:halfn] <- firsthalf[1:halfn]
angle[(halfn+1):nn] <- secondhalf[(halfn+1):nn]
hjust <- numeric(nn)
hjust[1:halfn] <- 0
hjust[(halfn+1):nn] <- 1
return(list(angle = angle, hjust = hjust))
}
然后我使用以下代码制作了情节：
gdend <- dendextend::as.ggdend(dend %>%
set('branches_k_color', k = 6) %>%
set('branches_lwd', 0.6) %>%
set('labels_colors', k = 6) %>%
set('labels_cex', 0.6))
gdend$labels$angle <- ifelse(horiz, 0, 90)
gdend$labels$hjust <- 0
gdend$labels$vjust <- 0.5
# if polar, change the angle and hjust so that the labels rotate
if(polarplot) {
newvalues <- createAngleHJustCols(gdend$labels)
gdend$labels$angle <- newvalues[['angle']]
gdend$labels$hjust <- newvalues[['hjust']]
}
ggresult <- newggplot.ggdend(gdend, horiz = TRUE, offset_labels = -2)
ggresult <- ggresult + ggtitle(plottitle)
ggresult <- ggresult + theme(plot.margin = margin(c(2,2,2,2),
axis.text = element_blank(),
plot.title = element_text(margin = margin(10,2,2,2)))
ggresult <- ggresult + ylim(max(get_branches_heights(dend)), -5)
ggresult <- ggresult + coord_polar(theta = 'x', direction = 1)
这最终产生了这个最终情节！
（我更改了数据中的一些内容，因此图中的某些顺序可能会有所不同）