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r - 如何突出显示树状图中的特定标签？
我使用以下简单的代码进行了聚类分析
我想强调一些特定的叶子（不是节点）。我在一个单独的向量中有这些叶子的列表。如何仅突出显示特定的叶子，而使所有其他叶子保持黑色？
r - Color branches of dendrogram using an existing column
I have a data frame which I am trying to cluster. I am using hclust right now. In my data frame, there is a FLAG column which I would like to color the dendrogram by. By the resulting picture, I am trying to figure out similarities among various FLAG categories. My data frame looks something like this:
I am clustering on colA, colB, colC and colD. I would like to cluster these and color them according to FLAG categories. Ex - color red if 1, blue if 0 (I have only two categories). Right now I am using the vanilla version of cluster plotting.
Any help in this regard would be highly appreciated.
r - R中水平树状图的树切割和矩形簇周围
我试图将层次聚类的结果绘制R为树状图，矩形标识聚类。
以下代码对垂直树状图进行了处理，但对于水平树状图 ( horiz=TRUE)，不绘制矩形。有没有办法对水平树状图做同样的事情。
此外，我想绘制一条线以在所需的距离值处切割树。如何在 R 中绘制它。该cutree函数返回集群，但也可以绘制它。
我正在寻找的所需输出是这样的。
如何在 R 中完成这项工作？
r - 在R中的heatmap.2中选择树状图的叶节点数
在 Matlab 中，您可以指定要作为dendrogram函数一部分绘制的树状图中的节点数：dendrogram(tree,P)生成不超过 P 个叶节点的树状图。
我在 R 中做同样的尝试heatmap2失败了。stackoverflow 和 biostars 的帖子建议使用cutree，但heatmap2被帖子的选项建议卡住了Rowv。这里的“TAD”是 8 列乘 831 行的数据矩阵。
返回消息：
是否使用cutree正确的途径来探索绘制受限树状图？有没有更简单的方法来做这个类似于matlab？
r - 从 R 中的切割树状图中提取标签成员资格/分类（即：树状图的 cutree 函数）
我正在尝试从 R 中的树状图中提取一个分类，该树形图中我cut处于某个高度。cutree这在一个对象上很容易做到hclust，但我不知道如何在一个dendrogram对象上做到这一点。
此外，我不能只使用原始 hclust 中的集群，因为（令人沮丧），类cutree的编号与cut.
有没有办法让分类相互映射，或者以更类似于给出的格式从dendrogram对象中提取较低的分支成员资格（也许巧妙地使用？）？dendrapplycutree
r - 最终合并的 R hclust 高度
使用 hclust 函数在 R 中执行层次聚类时。你怎么知道最终合并的高度？
因此，用一些 R 默认数据来澄清：
将产生一个包含所有聚类信息的变量 hc。
和树状图：
正如您在树状图上看到的，最终合并发生在高度 > 200（约 300）处。但是树状图是怎么知道的呢？此信息不在 hc.height 变量中，也不在 dendrogram1 变量中。提到的最高合并是 169。
如果 dendrogram1 变量不包含此信息，绘图函数如何知道合并必须发生在 300 的高度？
我问这个是因为我需要这个数字 (+- 300) 用于其他应用程序，并且从图中读取它是完全不切实际的。
提前感谢任何愿意提供帮助的人！
r - 使用 R 中的 Deprogram 用不同的颜色标记和着色每个样本名称
有人能帮助我吗？
我正在尝试使用以下代码使用 DNA 距离矩阵绘制树状图。一切似乎都很好，但我似乎无法让每个标本都有不同的颜色；我的距离矩阵的文件在以下链接中：
r - 如何在 R 中访问树状图的属性
从我创建的树状图
我选了一个支行
当我只显示 k 时，这给出：
例如，我如何访问“中点”属性或“标签”属性中的第二个？
（我希望我在这里使用正确的术语）
我尝试过类似的事情
但两者都返回“NULL”。
抱歉问题 2：我如何在属性“中点”之后添加“标签”属性？
r - R树状图中较大的字体和叶子之间的间距
我在 R 中有一个树状图，但我无法正确处理。
我会告诉你问题是什么，请检查：http: //img.photobucket.com/albums/v699/rica01/Rplot-1.png
我怎样才能使叶子上的标签更大，它们之间的间距更大？
谢谢。
-里卡多
r - 如何通过 R 中的附加因子变量为树状图的标签着色
在使用以下代码在 R 中运行层次聚类分析后，我生成了一个树状图。我现在正在尝试根据另一个因子变量为标签着色，该变量保存为向量。我最接近实现这一点的是使用包中的ColourDendrogram函数对分支进行颜色编码sparcl。如果可能的话，我更喜欢对标签进行颜色编码。我在以下链接中找到了类似问题的答案，使用现有列和R 中树状图中的着色分支着色树状图分支，但我无法弄清楚如何为我的目的转换示例代码。下面是一些示例数据和代码。
任何有关如何执行此操作的建议将不胜感激。