问题标签 [dendextend]

我有一个数据集，其中包含一些属于 4 种不同基因型的小鼠的每日饮水量。我正在尝试编写一个脚本，以便使用层次聚类分析根据它们的摄水模式对这些动物进行分类，然后创建一个纵向图，绘制每个聚类在几天内的平均摄水量。

为此，我首先创建分层集群集群，如下所示：

然后我使用 cutree 函数来评估哪个动物属于哪个组，以绘制每组的平均饮水量。

问题是我从分层集群获得的数字与 cutree 函数分配的数字之间存在不一致。虽然集群正在从 1 到 4 对分支进行自下而上的排序，但 cutree 函数正在使用我不熟悉的其他一些排序参数。因此，聚类图中的标签和摄入图表中的标签不匹配。

我是编码的初学者，所以可以肯定我使用了太多的冗余行和循环，所以我的代码可以缩短，但如果你们能帮助我解决这个具体问题，我会很高兴。

数据集

簇：

进气图

我已经对一个大型数据集进行了聚类，并发现了 6 个我有兴趣进行更深入分析的聚类。

我找到了使用带有“ward.D”方法的 hclust 的集群，我想知道是否有办法从 hclust/dendrogram 对象中获取“子树”。

例如

我曾经cutree获取数据集中每一行的标签。

我知道我可以通过以下方式获取每个相应集群（例如集群 1）的数据：

是否有任何简单的方法来获取由返回的每个相应标签的子树dendextend::cutree？例如，假设我有兴趣获得

我知道我可以访问树状图的分​​支，执行类似的操作

但是我怎样才能得到与集群 1 相对应的子树呢？

我努力了

但这当然行不通。那么如何根据 cutree 返回的标签获取子树呢？

我使用 FactoMineR 包的 HCPC 函数对数据帧执行了层次聚类。问题是，当我使用 factoextra 绘制树状图时，我无法想象我询问的集群数量。下面是我的问题的可重现示例

上面确实有5个集群

但只有 3 个映射在树状图中

我尝试了几次将标签放在 tanglegram（包装 dendextend）上，但我的标签（etic）不起作用，它们也适用于一个简单的情节。我应该使用哪个命令？

我正在尝试绘制一个树状图，以便分支上的标签与我的聚类分析中的组号相匹配。目前，分支只是按照它们出现的顺序从左到右标记，而不是实际的组号。这是我当前的 R 代码和生成的树状图：

如何更改标签以匹配我的实际组号？

如果这个问题是微不足道的，我深表歉意，但我在解释来自 dendextend 的 Bk 图时遇到了问题。那里有 3 行：凹陷的一行显示每 k 的 FM 指数，然后是红色实线和黑色虚线。最后两行是什么？我认为它们代表了 H0 下 FM 指数的临界值，但这些值似乎不匹配......你能帮忙吗？

如何为我在树状图中添加的一些彩色条添加标签？

下面的代码将显示我为瞄准任务所做的两次尝试，将值1链接到红色，将值0链接到彩色条的标签中的白色。

生成的图分别存在以下问题：

• 用于彩色条的值是二进制的，但状态标签显示 4 个不同的值。

• 中断定义明确，但链接到它们的颜色是错误的

• 用于彩色条的值是二进制的，但状态标签显示 4 个不同的值（跳过没用）

这些地块是：

代码参考可在1、2 . 第一个链接显示如何添加标签，这对我不起作用，第二个链接显示如何添加彩条。

我正在尝试仅对树状图中的叶节点标签进行颜色编码。我发现这个 stackoverflow 帖子最接近我想要做的事情

标签和颜色叶树状图

Tal Galili 的回答很有用，但是如果我不希望将组标签附加到叶节点标签，并且只根据其组成员身份对叶节点标签进行着色，我需要做什么？

所以使用 Galili 的代码，

而不是根据组标签使行名唯一

如果它们已经是独一无二的，例如

我如何将唯一的行名保留为我的节点标签，并根据组成员身份对它们进行着色（在这将是 Galili 代码中的“groupCodes”）？

heatmap.2 在使用“colRow”参数时为标签分配了不正确的颜色。有没有另一种方法可以为 heatmap.2 中的标签分配颜色？还是我做错了什么？（示例基于标签和颜色叶子树状图的示例以及如何在热图中为分支和刻度标签着色。2？）

我dendextend::tanglegram()用来比较两棵树的拓扑。我观察到偶尔会错误地将黑色颜色分配给实际上是一致的分支（因此应该着色）。这是一个错误还是我做错了什么？谢谢！

dend1.nwk：

dend2.nwk：

解开和绘制缠结图：

在下面的示例中，请参见例如我希望着色的叶子 61-63（因为树的这一部分是相同的）