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我正在使用此链接根据类别绘制带有彩色标签的漂亮树状图。第二个答案是我在这个链接中看到的（Tree cut and Rectangles around clusters for a Horizo​​ntal dendrogram in R），它使用下面的代码：

d <- dist(t(mat[,3:ncol(mat)]), method = "euclidean")
H.fit <- hclust(d, method="ward")
groups <- cutree(H.fit, k=16) # cut tree into  clusters
 hcdata<- dendro_data(H.fit, type="rectangle")
  hcdata$labels <- merge(x = hcdata$labels, y = pm_gtex_comb,  by.x = "label", by.y = "sample",all=TRUE)
 ggplot() + 
 geom_segment(data=segment(hcdata), aes(x=x, y=y, xend=xend, yend=yend)) + 
 geom_text(data=label(hcdata), aes(x, y, label=label, hjust=0, color=cluster), 
        size=3) +
 geom_rect(data=rect, aes(xmin=X1-.3, xmax=X2+.3, ymin=0, ymax=ymax), 
        color="red", fill=NA)+
 geom_hline(yintercept=0.33, color="blue")+
 coord_flip() + scale_y_reverse(expand=c(0.2, 0)) + 
 theme_dendro()

我想剪掉一些集群，因为我有 16 个集群，有 145 个标签，这样我就只能查看几个集群，因为我只想聚焦/剪切/放大其中几个。有什么办法吗这个在 hclust 对象上。这只是为了有一个很好的可视化效果，因为这个数字有 145 个标签。因为我想根据标签着色，我认为 ggdendro 非常适合。

例如在此链接中，如果您查看 3)放大树状图 http://gastonsanchez.com/blog/how-to/2012/10/03/Dendrograms.html

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您可以prune从包中尝试dendextend（它可以做很多其他漂亮的事情）：

library(dendextend)
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
clusters <- cutree(hc, k=3)
par(mfrow=c(1,2), mar=c(6, 4, 2, 3))
plot(as.dendrogram(hc), main="regular")
plot(dend <- prune(as.dendrogram(hc), names(clusters[clusters==1])), 
     ylim=range(hc$height), main="without cluster #1")

或者如果你坚持使用 ggdendro：

ggdendro::ggdendrogram(dend)

也可以使用 dendextend 创建 ggplot2 图：

library(dendextend)
ggd1 <- as.ggdend(dend)
library(ggplot2)
ggplot(ggd1)
于 2015-10-29T23:05:15.640 回答