问题标签 [circlize]

我想使用我们的数据在此处发布类似的图表，但是，我收到了此错误消息“检测一些间隙太大”。您认为是因为某些值与其他值相比非常小（例如，1 与 1812）吗？我通过在 1 或 2 之后添加几个零，对矩阵 2 中的数据进行了一些更改，它可以工作。有什么方法可以解决这个范围的数据吗？我想用我的真实数据（矩阵 1）绘制这个漂亮的图表。任何帮助深表感谢。

我试图制作一个类似于基因表达图的圆形图。我发现 R 中的 circlize 包可以做到这一点，我试图遵循这个http://cran.r-project.org/web/packages/circlize/vignettes/genomic_plot.pdf

我设法到达： 6. 创建绘图区域

但是当我输入

我收到此错误：

当我输入

我收到此错误：

Region 是一个有 205 个观察值和 7 个变量的数据框：染色体、起始位置、结束位置，然后是一些值 value 是一个有 205 个观察值和 2 个变量的数据框：两个数值

我对这种情节完全陌生，因此不胜感激

谢谢

我正在尝试使用 R 中的 circlize 包创建圆图。

这里我使用随机颜色的示例：

会导致如下图：

现在我想传递自己的颜色 - 不是像以前那样随机生成。

但命中错误：

我想使用 circlize 包制作和弦图。我有一个包含四列汽车的数据框。前 2 列包含有关汽车品牌和拥有的型号的信息，接下来的两列包含受访者迁移到的品牌和型号。

这是数据框的一个简单示例：

能把它做成和弦图就好了。我在帮助中找到了一个有效的示例，但我无法将我的数据转换为正确的格式以制作绘图。此代码来自 circlize 包中的帮助。这会产生一层，我想我需要两个，品牌和型号。

此代码生成以下图：

理想的结果就像这个例子，但是我想要汽车品牌而不是大陆，在内圈属于该品牌的车型

我正在尝试使用 r 库“circlize”复制本网站https://gjabel.wordpress.com/2014/03/28/circular-migration-flow-plots-in-r/的图表。不幸的是我有两个问题：

首先，我收到了所有绘图区域（即Note: 1 point is out of plotting region in sector 'Mexico', track '1'）的警告。我认为问题在于circos.textand circos.axis，因为我将它们与 一起使用direction，这是一个已弃用的功能。但也使用facing而不是direction，问题仍然存在。所以我想我不明白这个警告的含义。你有什么提示可以帮助我吗？

此外，在我的情节中，链接离段很远。因此，我尝试减少 track.margin，从而解决了问题，但现在段的名称超出了边距，我无法将它们可视化。有没有更好的方法来解决这个问题？

这是我到目前为止写的（几乎完全取自这个网站https://github.com/null2/globalmigration）

非常感谢您的帮助。

编辑：我添加了脚本的第二部分，因为似乎有必要解决第二个问题。

我试图按照 Guy 的 R 代码来创建循环迁移图。我的文件与他提供的“migest”包（science/regions_custom）的文件相似。我的数据文件示例是“regions_oceanos”：

R代码是：

而且，如您所见，我获得了这个非常酷的图表，但其中的链接不一定代表我的矩阵。例如，您可以看到没有来自或流向 Pacifico 和 Mediterraneo 或从 Atlantico 到 Mediterraneo 的流量，但在矩阵中，我为那些与实际绘制的那些段相似的部分提供了一些值。这可能与创建绘图区域后代码显示的注释有关：（注意：1 点超出扇区'Pacífico'，轨道'1'的绘图区域）。但我不知道如何处理它。我将非常感谢任何反馈和评论

谁能告诉我如何更改 chordDiagram 函数（R 包 circlize）中的标签大小？我寻找像 cex 或 cex.labels 这样的选项，但似乎找不到。另外，方向可以改变吗？

我在这里创建了一个类似于 circlize 教程第 8 页的图：http: //cran.r-project.org/web/packages/circlize/vignettes/genomic_plot.pdf

现在我试图在基因名称之上覆盖一个额外的轨道，它显示将基因分组到更大的类别中（在下面的小插图中，我试图添加蓝线，希望得到一个更漂亮的图像带圆圈）。

我有一个新的数据框，其中包含每个更宽区域的开始和停止以及标签（我试图在这些区域之上添加标签）。

我尝试从之前的绘图中获取 xlim、ylim 和索引信息，但我遇到了麻烦，因为它是一个新的数据框。

这就是我正在做的事情：说我的新数据框（与主数据具有相同的坐标）是这样的：

在使用我的主数据集初始化马戏团后，它是示例小插图中的基因因素，我试图像这样添加轨道：

而且我不断收到此错误：“ if (ncut) { 中的错误：参数不可解释为逻辑”。

我究竟做错了什么？

我还尝试使用 par(new = TRUE) 覆盖一个全新的图，但我无法让它与我之前的图完全重叠，因为它会重新调整以适应整个圆圈（虽然我只为更广泛的区域定义了一些段）。如果有人对如何在 RI 中的 circlize 中绘制这个覆盖区域（使用定义这些更宽区域的不同数据集）有指导，将非常感激！

感谢您的帮助！

我正在尝试使用 R 中的 circlize 包创建和弦图。我想包括没有流出的扇区（没有从它们发出的链接）。有没有办法：

1. 强制程序从我的数据框中报告行，即使该行中只有零。

2. 抑制自循环。（小插图要求您在对角线上输入零来执行此操作，但随后我们回到第一个问题。）

我附上了我的代码。

这是一些示例数据。

我正在尝试使用 R.circlize 包中的 chordDiagram 函数绘制和弦，参考代码类似于“矩阵可视化”

错误报告如下：

我的“垫子”看起来像：