问题标签 [circlize]

这可能看起来相对简单，但我正在尝试将数据从数据帧更改为矩阵，因为我正在使用新的 D3 chorddiag 包。在我使用 circlize 并依赖于使用数据框功能之前。Chorddiag 似乎完全依赖于矩阵，所以我想知道如何跳过这些类型。下面是示例：

如何将食物更改为类似于 m？我想可能像下面这样，但我不知道如何添加名称。感谢帮助

我有一个数据框，它具有 4 组患者和细胞类型之间的共同特征。我有很多不同的功能，但共享的（存在于 1 个以上的组中）只是其中的一小部分。

我想制作一个 circos 图，以反映患者组和细胞类型之间的共享特征之间的少数联系，同时了解每组中有多少未共享的特征。

在我看来，它应该是一个有 4 个扇区的图（每组患者和细胞类型一个），它们之间有一些连接。每个扇区大小应反映组中要素的总数，并且该区域的大部分不应与其他组相连，而是空的。

这是我到目前为止所拥有的，但我不希望扇区专用于每个功能，只针对每组患者和细胞类型。

MWE：

编辑！！

@m-dz 在他的回答中显示的实际上是我正在寻找的格式，4 个不同的患者/细胞类型组合的 4 个扇区，仅显示连接，而非连接的功能，虽然没有显示，但应该解释部门的规模。

但是，我意识到我的情况比上面 MWE 中的情况更复杂。

一个特征被认为出现在 2 个患者/细胞类型组中，不仅当它在 2 个组中相同时，而且当它相似时......（高于阈值的序列同一性）。这样，我就有了裁员...

Patient1-cell1 中的特征 A 可以连接到 Patient2-cell1 中的特征 A，也可以连接到特征 B...对于 Patient1-cell1，特征 A 应该只计算一次（唯一计数），并扩展到患者 2-中的 2 个不同特征单元格1。

请参阅下面的示例，了解我的实际数据如何更精确，看看使用这个示例是否可以得到最终的 circos 图！谢谢！！

我有一个包含两列的数据集。一个是数据类别，一个是我的样本。我以 mtcars 为例

现在假设我对汽车名称（现在称为品牌）感兴趣，因为我的样品和齿轮是类别。我想要两件事

1.从类别发出的和弦，在这种情况下，齿轮是三种颜色，对应于类别编号。

2.所有样品（在本例中为品牌）的网格颜色为相同颜色。

如果你在哪里执行

您会为所有内容分配随机颜色，并且从类别（品牌）发出的和弦将被多重着色。

现在需要执行上述命令（我认为）如下

请注意，我已经定义了 col 和 grid.col 函数，我认为需要对其进行定义以分别解决我的第 1 点和第 2 点，这是我遇到问题的地方。

到目前为止，对于和弦颜色（第 1 点），我已经尝试了以下方法，但没有奏效

对于网格颜色（第 2 点）我尝试过

这让我得到了我想要的类别（齿轮）颜色，但对于示例颜色（品牌），网格颜色不是蓝色。

请注意，我的实际数据是作为数据框而不是矩阵加载的。

注意：第一个点的解决方案是颠倒列的顺序，因为它是定义所用颜色数量的第一列。因此做

chordDiagram()在使用包中的函数时，我需要一些关于返回错误消息的帮助circlize。

我正在处理渔业上岸量。渔船在一个港口（母港PORT_DE）开始航行，并在另一个港口（登陆港）登陆他们的捕获物（在这种情况下为扇贝PORT_LA）。我正在尝试使用circlize包绘制和弦图来可视化端口之间的着陆流。我有 161 个唯一端口，端口名称存储为character字符串。

在调用chordDiagram()函数绘制和弦图之前，我将相关列存储在一个虚拟对象 ( m) 中。

dcast()然后我使用并重命名行创建一个邻接矩阵。

最后，我调用 plot 函数chordDiagram()。

不幸的是，这会导致错误消息。

如果我用数字替换行名和列名，函数就会运行，并返回正确的绘图。

任何想法如何使用实际端口名称运行该功能？

我已经尝试删除特殊字符，" "用下划线替换空格"_"，保留较少数量的字符，只保留几个端口对。不幸的是，同样的错误不断出现。任何帮助表示赞赏。

请注意，自从发布这个问题以来，我已经设法创建了所需的可视化。这是另一个相关问题的链接，其中还包括调整和弦图各种设置的代码。

调整 highlight.sector() 宽度和位置 - R 中的弦图（circlize 包）

当我尝试在 circlize (R) 中绘制 chordDiagram 时，出现持续错误。我能够用一个数据集（Data1）很好地生成绘图，但不能用另一个（Data2），它在结构上是相同的（据我所知）。两个数据集都复制如下。它们具有相同的尺寸和结构-我认为！“年”和“月”都被识别为具有相同级别数的因子，“平均值”是一个数字。两个数据集都被 R 识别为数据框。我一定遗漏了一些东西！

我得到的错误是：
“circos.initialize 中的错误（factors = factor(cate, levels = cate), xlim = cbind(rep(0, : 由于xlim是矩阵，它应该具有与长度相同的行数） 2的级别factors和列数。"

我看过这篇文章，但是那里的解决方案对我没有帮助，所以我想我一定有一个不同的问题.....

我正在使用的代码如下：

数据框（“Data1”和“Data2”）在我的问题结束时被复制。

Data1 有效 - 生成的图没有错误：

Data2 不绘图并给出错误

代码的第二部分使用 Data2 产生：“circos.initialize 中的错误（factors = factor(cate, levels = cate), xlim = cbind(rep(0, : 由于xlim是矩阵，它应该具有相同数量的rows 作为级别的长度factors和列数为 2。"

任何建议将不胜感激！

谢谢

数据1：

数据2：

这是一个示例代码：

我怎样才能“屏蔽”自链接？我想删除它们以保持空间为空（右图）。

是否可以将图像放置在 a 标签所在的位置？circlize chordDiagram

例如，我手动将各大洲的 SVG 轮廓放在标签上。我想知道是否有一种编程方式来实现这一点。

这是一个入门示例，我希望能够添加图像标签。请注意，circlize网站上有一个示例似乎可以执行我想要的操作：

但我不能将它与这个例子结合起来：

请问如何为使用 circlize 包生成的 circos 图添加标题？我在手册中没有找到任何参考。

我正在写作是因为我想获得一些关于 R 中的情节的帮助，请使用包 circlize。

我正在尝试制作和弦图，我可以制作，但是情节上的名称重叠，

然后我尝试使用我从中获取的代码：我得到了相同的情节，但名称重复，并且相互重叠 在此处输入图像描述

我用于情节的代码是

并且数据框已经包含在我正在使用的矩阵中的名称。

我想得到的是一个名称以 90 度出现以避免重叠的图。

非常欢迎任何帮助，并在此先感谢！

PS：我也尝试了这里发布的另一个解决方案，但我没有为我工作（R：在 circlize 图中调整标签）

我有一个包含 100 人的数据集，他们诊断出 5 种疾病。条件的任何组合都可能发生，但我已将其设置为条件 D 的概率取决于条件 A，而 E 取决于条件 B。

为了制作一个共现矩阵，其中每个单元格是在行和列中同时诊断的人数，我使用矩阵代数：

然后我想用一个和弦图来显示每个诊断的共同诊断的比例。

默认情况下，为每个组分配的扇区（饼图）大小与链接数成正比。

是否可以设置扇区宽度来说明每次诊断的人数？

这个问题似乎与 circlize 书的第 14.5 节有些相关，但我不确定如何为这个gap.after论点进行数学运算。

根据circlize book 的第 2.3 节circos.initalize，我尝试使用设置扇区大小，但我认为该chordDiagram函数会覆盖它，因为外部的比例完全相同。

我看到了很多微调轨道的选项，chordDiagram但对于扇区来说却不多。有没有办法做到这一点？