问题标签 [circlize]

继几年前的这个例子之后，我想chordDiagram使用circlizeR 中的包对a 中的段标签进行颜色编码。

中的文档?circos.text告诉我，我应该使用col图形par参数中的参数来设置 this。但是，par(col)不接受颜色向量。

有人可以建议如何做到这一点吗？非常感谢。

circlize此处使用R 中的包的示例代码。

这产生了这个漂亮的情节

如何将标签 A1、A2 和 A3 更改为与其段相同的颜色？par(col = grid.col)不起作用，因为它只需要向量中的一种颜色。非常感谢。

我正在尝试使用 BED 文件中的简单基因组符号生成 circos 图。但是，当我使用circos.genomeRect它时会导致错误，或者在不绘制矩形而是半圆的轨道中，如下所示。

考虑以下可重现的示例：

这将返回一个错误：

if (sum(l) && circos.par("points.overflow.warning")) { 中的错误：需要 TRUE/FALSE 的缺失值

另外：警告消息：在 is.na(x) | is.na(y) : if (sum(l) && circos.par("points.overflow.warning")) { : 需要 TRUE/FALSE 的缺失值

此时，如果points.overflow.warning=FALSE在circos.par上面设置，错误就会消失，但一定会发生其他一些错误，即这不会绘制矩形：

我错过了什么吗？这个简单的例子有什么问题？谢谢

编辑

我刚刚注意到我绘制的特征数据框有一个坐标错误，因为它比染色体的实际大小延伸得更长。但是，如果解决了这个问题，例如：feature <- tibble(chr = c("chr1", "chr1"), start = c(2500, 4500000), end = c(4150000, 5350000))，就会出现一个新错误！！

警告信息：在 is.na(x) | is.na(y) ：较长的对象长度不是较短对象长度的倍数

我不能用带有外部标签的圆形热图分割，但不能分割 circos.heatmap

我需要按图像的标签拆分。有什么帮助吗？

我有 2 个具有不同行数和列数的数据框，我想在带有circlize.

我的数据如下所示：

我想建立一个单独的马戏团情节，其中顶部显示df1，底部显示df2，但我只能显示单个 dfs。例如，这就是我展示的方式df1：

我怎样才能 df1 只在上半部分，而 df2 只在下半部分？

在理解为什么我不能使用circlize包在 R 中手动将文本添加到我的 circos 图中时遇到问题。

（我的主要目标是circlize使用自定义代码来说明循环基因组中的基因顺序。我知道有绘制基因组的函数，但我想制作自己的管道。）

我已经按照此处提供的示例对我的代码进行了建模（第 1.2 节“快速浏览”）。

基本上，我首先在第一条轨道中绘制扇区（这里是基因）。在第一个磁道中，只有 2 个扇区应该着色（红色和橙色）；其余的应该是灰色的。然后我尝试将文本标签（扇区/基因名称）添加到这些彩色扇区，但我得到了错误：

帮助表示赞赏！并提前感谢。:3

~ 杰特

这是说明我的问题的代码。

这是图像输出（遗憾的是，没有标签！）：

我想用 circlize 初始化一个新的和弦图，但是我收到了一个错误，考虑到我输入的数据似乎没有任何意义：

我理解这个要求，但是当我尝试制作不同的地块时，它对一些人来说失败了，但对另一些人来说却没有。这是相关的代码片段，其中包含一些用于调试的输出

工作正常的绘图的输出：

对于返回错误的人：

我知道这些问题： 这个问题导致我检查课程

这让我检查了我的 circlize 版本（0.4.11）

我错过了什么？？？感谢您的任何帮助，您可以提供。

我能够创建一个这样的堆积条形图：

如何在栏的中间为每个栏的百分比另外添加文本？我想将百分比显示为四舍五入的整数，省略 0 或 1 的百分比。

我有一个相当复杂的马戏团情节，并且在对齐标签时遇到了一些麻烦。

为了演示这个问题，我在下面提供了一个简短的可重现示例。

我无法弄清楚如何很好地对齐每个标签，以便它们与相应的段的距离完全相同，例如根据标签 tyranosauras rex。许多标签是隐藏的、重叠的，并且与绘图边缘的距离不同。任何帮助将不胜感激。

我想使用这个circlize包制作一个 RGB 配色方案。首先，我尝试制作一个函数，这样我只需要输入颜色和扇区，该函数就可以完成这项工作

这是代码：

当我尝试运行代码时，它返回以下错误：

如何使函数对应每个列表，例如当我调用函数时，只调用'blue'和'a'，然后调用'cyan'和'b'等。

非常感谢您提前

我正在按照教程在 R 中制作圆形图。假设我有这个数据集：

我尝试使用Heatmap它并正确返回。

在此处输入图像描述

但是，当我尝试使用时circos.heatmap()，它返回错误：

矩阵本身的尺寸为 100 x 10。有什么我遗漏的吗？