问题标签 [circlize]

我有 100 多个观察点（点），在那里我查看了特定项目（例如，A、B、C..等）。数据的基本格式如下：

现在我想开发一个项目来使用包adjacency matrix在 R 中查看他们的网络。circlize建议将不胜感激。

在 R 中工作

myData 是一个 4 列 B 行的 DataFrame

X 是一个从 1 到 B 的数字

F 是 D、E、F 和 G 的函数

如何为从 1 到 B 的每个 X 值重复执行 F？

我尝试完整调用 D、E、F 和 G 的列，但收到错误消息，指出缺少逻辑值。我能够为 D、E、F 和 G 的独立输入值执行 F，但对我的整个 DataFrame 执行此操作非常耗时。

我正在尝试使用带有 R“circlize”包的树状图绘制单个圆形聚集热图。可从此pastebin 链接获得两列表达式数据

我正在使用以下代码进行绘图，主要来自circlize 手册：

绘制数据时遇到两个问题：

1. 部分图形超出了顶部和底部的绘图区域。

2. 我不知道如何在图中放置行和列标签

任何人都可以帮助解决这两个问题吗？

谢谢

我使用 circlize 包在 R 中创建了一个和弦图。我注意到这个图形没有被保存为 ggplot 对象。我正在尝试使图形成为对象，以便可以将其导出到 Excel。有什么建议么？

我有一个使用 circlize 包构建的和弦图。不幸的是，似乎没有办法将其保存为对象。我想让情节成为一个对象（尤其是 ggplot obkect），以便我可以修改一些周围的文本并将其导出到 xlsx。有什么建议么？

谢谢！

每个人 -

我在增加我的 circlize 图的内部向量的高度时遇到了一些麻烦。我希望它足够大以包含放大的标签（见图）。我主要是在这个职位上工作。我还有一个问题，为什么与 htat 使用R 中的循环可视化中chordDiagram()的示例生成图的许多博客文章相比，为什么我的图看起来非常像素化。我在尝试为链接添加边框时遇到问题。任何其他格式提示将不胜感激。感谢您的时间和建议。

链接到数据

我正在尝试制作一个相当大的 18*65 表的和弦图（并非每个单元格都有一个值）。

我已经生成了我想要的图像，但它的质量与下面看到的github上显示的完全不同：

我认为可能需要绘制的单元格数量可能会导致问题，但否则我不确定为什么会出现这样的差异：

其次，我的和弦似乎没有缩放到范围从 0-100 的单元格的值，从我读到的内容来看，这意味着默认情况下会发生，但似乎没有。

如何对类别进行分组，以便它们在使用 R 中的 circlize 包生成的和弦图中出现很大的间隙？

例如，给定以下邻接矩阵：

我想创建三个组{A}，{B，C}和{D，E，F，G，H}，以便在使用chordDiagram()其参数时small.gap在组内的段之间使用，并big.gap在组之间使用。

请注意，这是将在生产中每天运行的代码，我不能保证所有类别之间总是会发生变化。在上面的示例中，没有发生从类别 F 到类别 F 的移动，导致它从输出中被忽略。使用gap.after我硬编码所需的结果（见图），但这不是一个可行的解决方案，因为我不知道将绘制哪些类别。我还希望解决方案不依赖于矩阵中列和行的顺序。

我有以下矩阵：

并产生 chordDiagram 如下：

制作附图。我的问题是：如何使所有标签“chr X”、“chr Y”等更大？

我正在尝试将使用 ggplot2 制作的圆形条形图复制到 ciclize 中，如下所示：

虽然我可以将它带入散点图并添加回归：

条形图的可视化让我更感兴趣。但是，我在 circlize 指南或任何示例中没有找到任何类似的示例。我已经使用 circos.polygon 工具，但是绘制每个条似乎不是最好的解决方案。因此，我想知道是否有人已经玩过这个，而stackoverflow中没有特定的主题。