问题标签 [circlize]

我有不同城市之间的航空公司连接数据。我想在 Circize 包的帮助下制作一个带有颜色控制的和弦图。我需要帮助

数据是这样的

在 R 中使用“circlize”包，我试图为每个轨道添加标签。在下面的示例中，我希望它在扇区之后Y、扇区之前的扇区之间显示“A. Ideogram”、“B. Expression”、“C: Count” 1。

我在 R 中有这个圆形树状图，我想放大它。我该如何进行？这里是：

使用了以下代码：

我提前道歉，因为我是 R 的初学者。

我有一个大数据文件，包含多个因素 (15)，以及每个因素 (5) 中来自不同组的多个测试样本。我已经计算了每个因素内每个组的平均值。为了简化我的数据的呈现，我想创建一个圆形图来呈现这些信息。我遇到了“circilize”包，而“circos.trackHist()”对于我的目的来说是一个完美的选择。不幸的是，我正在查看的指南没有提供如何使用导入数据的示例，而是从头开始创建模拟数据。此外，它对我的​​关卡来说相当复杂，我将不胜感激任何绘制它的支持。如果我在excel中有以下表格形式的数据，我怎么能创建一个圆形图？

║ Factor ║ group ║ average ║ ║ Factor1 ║ A ║ 77.53 ║ ║ Factor1 ║ B ║ 54.98 ║ ║ Factor1 ║ B ║ 43.35 ║ ║ Factor1 ║ C ║ 243.0 ║ ║ Factor2 ║ A ║ 91.3 ║ ║ Factor2 ║ A ║ 70.2 ║ ║ Factor2 ║ A ║ 67.93 ║ ║ Factor3 ║ C ║ 16.49 ║ ║ Factor3 ║ B ║ 0 ║ ║ Factor3 ║ C ║ 5.1416 ║

我正在使用 pakage circlize 来绘制两个不同床（数据框）的直方图。我可以使用“circos.trackHist”函数在两个不同的轨道上制作直方图，但我无法比较它们，因为它们在 Y 轴上有不同的比例。这个函数有一个参数来强制同一轨道的单元格之间的比例（force.ylim = TRUE），但我找不到一种方法来强制轨道之间的 Y 比例。

这可能吗？

我想以混合圆形散点图和弦图的风格绘制数字数据点之间的成对相互关系。

与“真实”和弦图相比，我只有一个扇区，其中包含一对圆形连续值，它们代表一天中的不同时间（0-24 小时），这些时间分配给不同的分类组：

每个时间点之间应该有一条线，根据该对分配到的组进行着色。我尝试使用chordDiagram()R 包中的函数circlize来实现这一点，但很快注意到它主要用于分类数据之间的关系。

你知道另一个 R 包可以用于这种可视化还是可以使用它来完成circlize::chordDiagram()？

我正在分析肿瘤微环境，我想展示我发现的亚群之间的相互作用。例如，我有一个受体和配体列表，我想证明群体 A 表达配体 1，群体 C 表达受体 1，因此这两个群体之间可能通过配体-受体 1 的表达相互作用。

我一直在尝试使用 circlize 通过制作 来可视化这些交互chordDiagram，但它需要一个邻接矩阵作为输入，我不明白如何创建矩阵。邻接矩阵应该显示矩阵中任意两个基因之间关系的强度。我有 6 个独特的细胞群，可以表达我感兴趣的 485 种配体/受体中的任何一种，目标是通过配体和受体显示这些群体之间的相互作用。

我在 RStudio 中找到了一个名为 BUS-gene.similarity 的工具：计算基因-基因相互作用的邻接矩阵。

也许我只是错误地使用了 BUS，但它说：对于具有 M 个基因和 N 个实验的基因表达数据，邻接矩阵的大小为 MxM。MxM 大小的邻接矩阵，行和列都代表基因。第 i 行和第 j 列中的元素表示基因 i 和基因 j 之间的相似性。

所以，我制作了一个矩阵，其中每一列是一个亚群，每一行是我想展示与之相互作用的配体/受体。单元格具有表达式值，如下所示：

AF 是我的人口。然后我将此矩阵传递给 BUS：

但是应该是我的邻接矩阵的输出文件充满了 NA：

我想也许我的矩阵太复杂了，所以我只比较了 2 个细胞群和我的配体/受体，但我得到了完全相同的输出。

我期待得到类似的东西：

但是，即使res对象给了我数字而不是NA它，在基因之间建立关系时也不能保持群体的身份，所以它仍然不会产生我预期的输出。

我不必使用 BUS 来制作矩阵，所以我不一定需要帮助解决该代码，我只需要一些方法来制作邻接矩阵。

我以前从未使用过 circlize 或 Circos，所以如果我的问题很愚蠢，我深表歉意。

我有一个 8x8 邻接矩阵，如下所示：

我只需要可视化我的和弦图中的一些链接，保留所有 8 个扇区。我试图重现此处提供的说明：R Circlize, Chord graph with empty sector

所以我编码：

但是，我收到以下错误

第一个错误：

第二个错误：

我怎样才能解决这个问题？任何帮助将不胜感激。谢谢。

我想制作一个类似马戏团的图来仅可视化 SNP（SNP 属性具有多个轨道）。它可以用 python、R 完成，或者我很乐意考虑其他语言。

到目前为止，我已经查看了 circlize R 包。但是，"Range of the sector ('C') cannot be 0"初始化 circos 图时出现错误。我相信这个错误是因为我有离散数据（SNP）而不是所有位置的数据。或者这可能是因为我有一些重复的数据点。

我在下面简化了我的数据并显示了我迄今为止尝试过的代码：

我想知道是否有可能获得一个类似圆环的图，其中我的每个数据点（在我的示例中为 7 个）都被绘制为一个单独的数据点，而没有以离散轴的方式绘制任何其他点。

我想使用 circlize-package 绘制我保存在数据框 data_relevant 中的 58 个变量以及它们在 ChordDiagram 中的相互连接。

我的问题如下：我不能更改的一些变量名称具有长名称，因此被绘图截断，因此只有一部分显示在实际绘图中。我试图设置不同的高度和长度，但它要么导致：

1) 垂直绘制的标签被部分截断 2) 水平绘制的标签被部分截断。

有什么方法可以让我得到一张没有标签被切断的完整图片？

这是绘图代码：