问题标签 [circlize]

我正在尝试绘制组成数据的圆形树状图。使用以下代码：

我可以通过正确的标签顺序获得我想要的正常树状图。

但是当我跑步时circlize_dendrogram(dend)，我得到了这个：

让我烦恼的是中间的树状图 - 当我不使用树状图的顺序作为标签时（即只是打字labels(dend) <- hydro$River），内部的树状图很好，一切看起来都很好。

我尝试更改labels_track_height和dend_track_height设置无济于事，当我在较小的玩具数据集上运行相同的过程时，不会出现此问题。

有任何想法吗？

我有这个脚本，它产生了这个非常漂亮的圆形图。

我用这个文件cells中的更多观察替换了变量中的内容。但是，我认为由于观察太多，我得到了这个非常糟糕的情节。

我希望使用文件中的数据（更多观察）绘制的图更类似于第一张图像中的图。我希望情节中的线条不会像这样，因为线条相互重叠。

有人对此有什么建议吗？

我试图了解 ggvis 在闪亮的环境中是如何工作的，这真是令人头疼。在这一点上，我只是想制作一些东西，任何互动的东西。理想情况下，我希望能够使用滑块过滤数据点，并能够单击扇区和链接以分别缩放和突出显示。

忽略整个右栏，我将如何实现 ggvis？

服务器.r

用户界面

我正在尝试使用该circlize包创建一个 circos 图，其中外部轨道具有唯一的扇区名称（10 个名称），并且在每个唯一扇区中，有 2 类文件类型。这 10 个名称中的每一个名称的两个类别都是相同的（最终目标是通过定向链接显示在转换文件类型时合并了哪些文件）。

到目前为止，这是我的代码的简化版本，它产生更大的轨道以及显示我正在尝试做的内部轨道（但“FileType1”和“FileType2”应该位于两个单独的扇区中以允许链接到和从每个）。

第二个轨道只接受已经存在的因素，所以我尝试用所有 12 个类别初始化情节，并且只调用与每个轨道相关的那些，但在情节中留下了漏洞。

我不确定是否可以有多个轨道的“真实”扇区，所以我尝试将内部轨道的外部作为“亮点”（基于这个问题），但似乎相同的因素名称让我绊倒向上（最终只有两个扇区）。

我还考虑过将两个单独的图组合起来，在 circlize 书的第 6.3 节中提到，但我仍然不知道如何创建具有相同名称的单独扇区。我也不确定如何指定链接源和目标（sector.numeric.index 也许？）

提前感谢您的帮助。

我有一个如下所示的数据框：

我想显示 cross 的交集Genes，Groups所以我做了一个维恩图：

但是，我真的很想以某种方式显示FoldChange（或至少是UpDown）值。我想过做这样的事情，将重叠的数字分成UP和DOWN Genes：

但是仍然有一个给定Gene的情况可以UP在一个Group和DOWN另一个中，所以上面的维恩图会很不准确......

我认为展示这一点的最佳方式是Circos 情节。

每个 应该有一个部分Group，链接组之间的共享Genes，并包括FoldChange（或UpDown）信息。

我可以想到两种可以包含信息的方式：

1-Gene如果 A 和 B 之间的连接线（例如）在两者中，则为红色，如果在DOWN两者Groups中，则为蓝色。如果在 A 和B 中，它们会被染成红色变成蓝色，如果发生相反的情况，它们会变成蓝色（这有意义吗？）UPGroupsGeneDOWNUP

2-在 Circos 图中包含一条额外的信息带，其中包含FoldChange值（红色表示负条，蓝色表示正条）。Genes重叠的大部分都在一起会很好（而不是到处都是细毛，并根据FoldChange值排序）。可能与此类似：

但是，我真的不知道如何开始，我过去尝试使用该circlize软件包制作简单的 Circos 图，但完全失败了。

我认为我想要完成的概念相当简单......有没有人知道如何在 Circos 图上清楚地显示它（或者就此而言，你可以建议的任何其他表示）？

非常感谢！

圆心 (a,b) 可以从圆方程导出

如何找到圆图的中心并在圆图的中心插入文本？

我为人口移动制作了一个和弦图（来自 circlize 包），当我尝试使用type="cairo-png"从png()设备保存它时，它给了我一个与默认png()设备或从 R Studio 绘图面板看到的不同的设备。以下是一些随机数据提出的问题。我可以使用默认值png()，但非常感谢有关为什么存在这种不一致行为以及如何解决它的帮助？

我在这里注意到的不一致是圆圈的第二个内部部分的未填充和填充部分，而不是配色方案。

图片 1 - Chordpng.png

图片 2 - ChordpngCairo.png

是否可以按与其他扇区的距离对使用circlize包制作的和弦图的每个扇区中的链接进行排序？

通常，链接可能会因其位置而在轨道附近重叠。这将通过分别更改来禁止。

一个链接交叉的示例图像

我只发现了按值大小对它进行排序的可能性link.sort，但这不是我想要的。

感谢你的回答！干杯。

基本问题。

我有一个这样的输入表：

我用 R 写了这段代码：

输出是

我知道颜色设置不正确，因为当我多次运行代码时，颜色会发生变化，所以我知道它是随机的（即使我试图在代码中设置它们）。在代码中的哪一点，我应该设置颜色？我想要设置颜色：红色、橙色、绿色、蓝色、紫色、粉红色等（尽量避免棕色、黑色、灰色等暗淡的颜色）。

谢谢。

我正在尝试安装“circlize”包，但我无法解决看似简单的错误。

当我运行时：

它说：

这些部分似乎与我最相关：

依赖 'GlobalOptions' 不可用

名称空间 'GlobalOptions' 0.0.11 正在加载，但 >= 0.0.12 是必需的

当我运行sessionInfo()我在“其他附加包”下看到：[1] GlobalOptions_0.0.11

我最好的猜测是我有错误的 GlobalOptions 版本——我看到 GlobalOptions v0.0.13 在这里可用，但是作为 R 的新手，我不确定现在该怎么做才能让正确的版本启动并运行。

如果有人能告诉我下一步应该看哪里，我将不胜感激。（我查看了该链接中的文档，但我仍然不知道现在该做什么。）谢谢！