问题标签 [circlize]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

0 投票
1 回答
234 浏览

r - 将标签放在 circlize 和弦图中的图例颜色条内

我一直在关注R 教程中的循环可视化

我尝试重新创建第 16 章中弦图的复杂示例中的图形。特别是,我在询问如何为“染色质状态”制作标记图例,即用数字标记颜色图例中的每个框。

文本指的是图例部分(“可以根据第 4 节中讨论的说明添加图例”)。但是,单个图例网格内的标签并未在此处明确描述。

在此处输入图像描述

以下是数据的代码:

这是传说中的代码:

而且,这是我能得到的:

在此处输入图像描述

我无法找到正确的功能来制作标记的图例。有人知道如何为“染色质状态”制作图例编号 1-15 吗?

非常感谢您提前。

0 投票
0 回答
136 浏览

r - Circos:circos.barplot - 不能添加标签;从图中排除的条形图

我正在尝试创建一个具有 4 个扇区的圆形条形图;每个扇区都有不同数量的柱。我希望扇区大小与条的数量成正比,并用特征(表型)和频率值标记每个条。

我有 4 个扇区,“fruit_sector”:“apples”、“pears”、“oranges”、“bananas”;对于每个部门,我都有几个不同的品种,“表型”。对于每个,一个频率。

test_circos_210506.csv

test5_circos

几个问题:

  1. 条形标签从每个扇区的文件开头开始,而不是遍历每个扇区(所有扇区都从“苹果”表型开始
  2. 我无法对齐标签
  3. 我想将频率添加到每个条形。
  4. 低频条没有出现(以下错误)
  5. 我必须添加一条频率 = 0 的线,否则最后一个条将与间隙重叠。

警告:

我有基本的 R 技能,有什么帮助吗?

0 投票
0 回答
142 浏览

r - 如何在 R 中创建 Circlize Circos 图或弦图?

很长一段时间以来,我一直在使用circlize包准备和弦图。R但是,现在我有一个数据框,我必须以特定方式表示,我需要一些帮助,因为在尝试了许多线程中提供的解决方案之后(R:circlize circos plot - 如何在具有最小重叠的扇区之间绘制未连接区域R用数据框的circlize制作圆/弦图)我无法画出我的想法。

以下是大型数据框的子集的样子:

我想绘制一个圆形可视化,以便我可以表示 shared COMPacross SEQ,类似于下面的草图: 在此处输入图像描述

这里的外部网格代表列ID。黑色的内部网格表示SEQ属于每个ID。很多时候,一个ID值可以有多个SEQ值。灰色的链接代表COMP之间共享的数量SEQ。联动的宽度代表数字,即shared越高COMP,宽度越大。

我无法准备我的数据框来显示这样的图。我也尝试使用函数的directional参数使用方向关系chordDiagram(),但我没有达到预期的结果。

0 投票
1 回答
25 浏览

r - 如何从R中的数据框中将文本添加到圆环图

我有一个看起来像这样的df

X
一个 3
6
C 4
D 9

我想使用带有 4 个部分的 circlize 将其绘制在 circos 图中。每个部分都应该有 X 轴作为标题,并且在该部分中它应该有 Y 轴值。我只想直接从df中获取数据并将其绘制在circos图上