很长一段时间以来,我一直在使用circlize
包准备和弦图。R
但是,现在我有一个数据框,我必须以特定方式表示,我需要一些帮助,因为在尝试了许多线程中提供的解决方案之后(R:circlize circos plot - 如何在具有最小重叠的扇区之间绘制未连接区域,R用数据框的circlize制作圆/弦图)我无法画出我的想法。
以下是大型数据框的子集的样子:
ID SEQ COMP
IGHG1 R.EEQYNSTYR.V Hex5HexNAc4NeuAc1dHex1
IGHG1 R.EEQYNSTYR.V Hex3HexNAc3dHex1
IGHG1 R.EEQYNSTYR.V Hex4HexNAc4NeuAc1dHex1
IGHG1 R.EEQYNSTYR.V Hex4HexNAc5dHex1
IGHG1 R.EEQYNSTYR.V Hex4HexNAc3dHex1
IGHG1 R.EEQYNSTYR.V Hex4HexNAc4dHex1
IGHG2 R.EEQFNSTFR.V Hex4HexNAc4NeuAc1dHex1
IGHG2 R.EEQFNSTFR.V Hex4HexNAc4dHex1
IGHG2 R.EEQFNSTFR.V Hex3HexNAc3dHex1
IGHG2 R.EEQFNSTFR.V Hex5HexNAc4NeuAc1dHex1
IGHG2 R.EEQFNSTFR.V Hex5HexNAc4dHex1
IGHG2 R.EEQFNSTFR.V Hex3HexNAc4dHex1
HEMO R.SWPAVGNCSSALR.W Hex5HexNAc4NeuAc2
HEMO R.SWPAVGNCSSALR.W Hex5HexNAc4NeuAc2dHex1
HEMO R.SWPAVGNCSSALR.W Hex5HexNAc4NeuAc1
HEMO K.ALPQPQNVTSLLGCTH Hex5HexNAc4
HEMO K.ALPQPQNVTSLLGCTH Hex7HexNAc6dHex2
HEMO K.ALPQPQNVTSLLGCTH Hex4HexNAc4NeuAc1
IC1 R.DTFVNASR.T Hex5HexNAc4NeuAc1dHex1
IC1 R.DTFVNASR.T Hex5HexNAc4NeuAc1
IC1 R.DTFVNASR.T Hex5HexNAc4dHex1
IC1 R.VLSNNSDANLELIN Hex5HexNAc4NeuAc2
IC1 R.VLSNNSDANLELIN Hex5HexNAc4NeuAc2dHex1
IGHA2 K.TPLTANITK.S Hex5HexNAc4NeuAc1dHex1
IGHA2 K.TPLTANITK.S Hex5HexNAc5NeuAc1dHex1
IGHA2 K.TPLTANITK.S Hex4HexNAc5dHex1
IGHA2 K.TPLTANITK.S Hex5HexNAc5dHex1
IGHA2 K.TPLTANITK.S Hex4HexNAc5NeuAc1dHex1
TRFE K.CGLVPVLAENYNK.S Hex5HexNAc4NeuAc1
TRFE K.CGLVPVLAENYNK.S Hex5HexNAc4NeuAc2
TRFE R.QQQHLFGSNVTDCSG Hex4HexNAc5NeuAc1
TRFE R.QQQHLFGSNVTDCSG Hex4HexNAc5NeuAc1dHex1
TRFE R.QQQHLFGSNVTDCSG Hex3HexNAc5
我想绘制一个圆形可视化,以便我可以表示 shared COMP
across SEQ
,类似于下面的草图:
这里的外部网格代表列ID
。黑色的内部网格表示SEQ
属于每个ID
。很多时候,一个ID
值可以有多个SEQ
值。灰色的链接代表COMP
之间共享的数量SEQ
。联动的宽度代表数字,即shared越高COMP
,宽度越大。
我无法准备我的数据框来显示这样的图。我也尝试使用函数的directional
参数使用方向关系chordDiagram()
,但我没有达到预期的结果。