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我正在尝试使用 BED 文件中的简单基因组符号生成 circos 图。但是，当我使用circos.genomeRect它时会导致错误，或者在不绘制矩形而是半圆的轨道中，如下所示。

考虑以下可重现的示例：

library("circlize")
library("tidyverse")

circos.par(start.degree = 90,
           cell.padding = c(0, 0, 0, 0),
           #points.overflow.warning=FALSE,
           track.height = 0.10   
)

# Initialize genome (bed file with genome sizes)
genome <- tibble(chr=c("chr1","chr2"), start = c(1,1), end = c(6000000, 3000000))
circos.genomicInitialize(genome, plotType = c("axis"), major.by = 1000000)

# Add track with annotation
feature <- tibble(chr = c("chr1", "chr1"), start = c(2500, 4500000), end = c(4150000, 6350000))
circos.genomicTrack(feature, ylim=c(0,1),
                    panel.fun = function(region, value, ...) {
                      circos.genomicRect(region, value, ytop.column = 1, ybottom = 0, col="blue")
                    })
circos.clear()

这将返回一个错误：

if (sum(l) && circos.par("points.overflow.warning")) { 中的错误：需要 TRUE/FALSE 的缺失值

另外：警告消息：在 is.na(x) | is.na(y) : if (sum(l) && circos.par("points.overflow.warning")) { : 需要 TRUE/FALSE 的缺失值

此时，如果points.overflow.warning=FALSE在circos.par上面设置，错误就会消失，但一定会发生其他一些错误，即这不会绘制矩形：

在此处输入图像描述

我错过了什么吗？这个简单的例子有什么问题？谢谢

编辑

我刚刚注意到我绘制的特征数据框有一个坐标错误，因为它比染色体的实际大小延伸得更长。但是，如果解决了这个问题，例如：feature <- tibble(chr = c("chr1", "chr1"), start = c(2500, 4500000), end = c(4150000, 5350000))，就会出现一个新错误！！

警告信息：在 is.na(x) | is.na(y) ：较长的对象长度不是较短对象长度的倍数

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它似乎与data.frames 而不是tibbles 一起工作：

library("circlize")

circos.par(start.degree = 90,
           cell.padding = c(0, 0, 0, 0),
           #points.overflow.warning=FALSE,
           track.height = 0.10   
)

# Initialize genome (bed file with genome sizes)
genome <- data.frame(chr=c("chr1","chr2"), start = c(1,1), end = c(6000000, 3000000))
circos.genomicInitialize(genome, plotType = c("axis"), major.by = 1000000)

# Add track with annotation
feature <- data.frame(chr = c("chr1", "chr1"), start = c(2500, 4500000), end = c(4150000, 5350000))


circos.genomicTrack(feature, ylim=c(0,1),
                    panel.fun = function(region, value, ...) {
                      circos.genomicRect(region, value, col="blue")
                    })


circos.clear()

由reprex 包（v0.3.0）于 2020-08-11 创建

于 2020-08-11T17:53:09.473 回答