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chordDiagram()在使用包中的函数时，我需要一些关于返回错误消息的帮助circlize。

我正在处理渔业上岸量。渔船在一个港口（母港PORT_DE）开始航行，并在另一个港口（登陆港）登陆他们的捕获物（在这种情况下为扇贝PORT_LA）。我正在尝试使用circlize包绘制和弦图来可视化端口之间的着陆流。我有 161 个唯一端口，端口名称存储为character字符串。

在调用chordDiagram()函数绘制和弦图之前，我将相关列存储在一个虚拟对象 ( m) 中。

# Store relevant column
m <- data.frame(PORT_DE = VMS_by_trips$PORT_DE_Label, 
            PORT_LA = VMS_by_trips$PORT_LA_Label, 
            SCALLOP_W = VMS_by_trips$Trip_SCALLOP_W)

head(m)
# PORT_DE  PORT_LA SCALLOP_W
# 1  Arbroath Arbroath  2.147143
# 2  Eyemouth Aberdeen  8.791970
# 3    Buckie Aberdeen  2.025833
# 4  Montrose Aberdeen  8.268540
# 5  Aberdeen Aberdeen  1.358286
# 6 Peterhead Aberdeen  0.797500

dcast()然后我使用并重命名行创建一个邻接矩阵。

require(reshape2)
m <- as.matrix(dcast(m, PORT_DE ~ PORT_LA, value.var = "SCALLOP_W", fun.aggregate = sum))
dim(m) #adjecency matrix represents port pairs
#[1] 153 138

row.names(m) <- m[,1]
m <- m[,2:dim(m)[2]]
class(m) <- "numeric"

最后，我调用 plot 函数chordDiagram()。

library(circlize) 
chordDiagram(m)

不幸的是，这会导致错误消息。

Error in `[.data.frame`(df, c(1, 2, 5)) : undefined columns selected

如果我用数字替换行名和列名，函数就会运行，并返回正确的绘图。

row.names(m) <- 1:153
colnames(m) <- 1:137

任何想法如何使用实际端口名称运行该功能？

我已经尝试删除特殊字符，" "用下划线替换空格"_"，保留较少数量的字符，只保留几个端口对。不幸的是，同样的错误不断出现。任何帮助表示赞赏。

请注意，自从发布这个问题以来，我已经设法创建了所需的可视化。这是另一个相关问题的链接，其中还包括调整和弦图各种设置的代码。

调整 highlight.sector() 宽度和位置 - R 中的弦图（circlize 包）

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1 回答 1

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感谢@ZuguangGu，错误消息的原因是NAs在我的列名中。如果你先删除它们，那么和弦图就很好了。遵循相同的符号，请参见下文。

#create adjacency matrix
m <- data.frame(PORT_DE = VMS_by_trips$PORT_DE_Label, 
                PORT_LA = VMS_by_trips$PORT_LA_Label, 
                SCALLOP_W = VMS_by_trips$Trip_SCALLOP_W)


#Check for NA values in your dataset
which(is.na(m[, 1]))
which(is.na(m[, 2]))

#Remove the rows which have NA values, there will not be errors any more.
df = m
df = df[!(is.na(df[[1]]) | is.na(df[[2]])), ]

require(reshape2)
m <- dcast(df, PORT_DE ~ PORT_LA, value.var = "SCALLOP_W", fun.aggregate = sum)
row.names(m) <- m[,1]
m <- as.matrix(m[, -1])

# remove self-links
m2 = m
cn = intersect(rownames(m2), colnames(m2)) 
for(i in seq_along(cn)) {
  m2[cn[i], cn[i]] = 0
}

# Export 3 versions of the chord diagram in a PDF

library(circlize) 

pdf("test.pdf")

# Use all data
chordDiagram(m)
title("using all data")

#remove self-links
chordDiagram(m2)
title("remove self-links")

#here reduce = 0.01 means to remove ports which have capacity less than 0.01 of capacity of all ports.
chordDiagram(m2, reduce = 0.01)
title("remove self-links and small sectors")

dev.off()
于 2017-05-26T17:06:56.460 回答