r - R Circlize，带空扇区的和弦图

Question

我正在尝试使用 R 中的 circlize 包创建和弦图。我想包括没有流出的扇区（没有从它们发出的链接）。有没有办法：

1. 强制程序从我的数据框中报告行，即使该行中只有零。

2. 抑制自循环。（小插图要求您在对角线上输入零来执行此操作，但随后我们回到第一个问题。）

我附上了我的代码。

chordDiagram(mat, symmetric = TRUE, keep.diagonal = TRUE, order = union(rownames(mat), colnames(mat)),
             directional = FALSE, annotationTrack = "grid", preAllocateTracks = list(
               list(track.height = 0.05),
               list(track.height = 0.05))
)

这是一些示例数据。

    a.1 a.2 a.3 a.4 a.5 a.6 a.7 a.8 a.9
a.1 1   0   0   0   1   0   0   0   0
a.2 0   1   0   0   0   0   0   1   0
a.3 0   0   1   0   0   0   0   0   0
a.4 0   0   0   1   0   0   0   0   0
a.5 1   0   0   0   1   0   0   0   0
a.6 0   0   0   0   0   1   0   0   1
a.7 0   0   0   0   0   0   1   0   1
a.8 0   1   0   0   0   0   0   1   1
a.9 0   0   0   0   0   1   1   1   1

Answer 1

由于该扇区没有链接，您如何定义该扇区的宽度？

无论如何，您可以通过为该向量分配一些值并使用完全透明的颜色绘制链接来添加一个“空”扇区。

> mat = matrix(c(5, 0, 0, 0, 2, 3, 0, 3, 2), 3)
> colnames(mat) = letters[1:3]
> rownames(mat) = letters[1:3]
> mat
  a b c
a 5 0 0
b 0 2 3
c 0 3 2

> col = matrix(rand_color(9), 3)
> col[1, 1] = "#FFFFFF00"
> chordDiagram(mat, col = col)