我正在尝试使用我的数据集中指定的行名来标记我的树状图。
我正在使用包：带有以下代码的 hybridHclust。
样本表（DATASET，我希望我使用的是正确的格式）
UID Condition1 Condition2 Condition3
1 Gene1 0.46 0.47 -0.02
2 Gene2 0.8 0.93 0.08
3 Gene3 0.45 0.89 1.04
DATASET_1 <- DATASET[,-1] # removes UID column which is not needed
Gene Condition1 Condition2 Condition3
现在我删除了原始 excel 工作表所需的 UID 列，但聚类分析不需要：
Condition1 Condition2 Condition3
1 0.46 0.47 -0.02
2 0.8 0.93 0.08
3 0.45 0.89 1.04
DATASETMatrix <- as.matrix.data.frame(DATASET_2) # converts df to matrix
DATASETMatrix_R <- t(DATASETMatrix) #flips along diagonal for clustering
现在桌子是
v1 v2 v3
Condition1 0.46 0.8 0.45
Condition2 0.47 0.93 0.89
Condition3 -0.02 0.08 1.04
并且行号名称 (1, 2, 3) 在 R studio 中消失并替换为列出的条件。
DATASETClust <- as.dendrogram((eisenCluster(DATASETMatrix_R, method = "uncentered.correlation",
compatible = TRUE)), hang = -0.1) #uses uncentered Pearson correlation which is not present in hclust
library(dendextend)
DATASETClust %>% set("labels_cex", 0.25) %>%
plot(horiz = T) # got his from somewhere online
当我运行它时，我将行号作为树形图上的标签，但我需要行名称（Conition1、Condition2、Condition3）并且它们需要对应于它们各自的数据（不应该只是按数字顺序）。这可能还不错，但我的实际数据集有 400 多个条件进行比较，每个条件有 4000 多个变量，并且列表将继续增长，因此手动输入名称是不可行的。
谢谢大家，我欢迎在发布到本网站时反馈任何格式问题。