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我正在使用 Dendextend 在 R 中绘制缠结图。我想知道是否可以使用绘制多个子图par(mfrow = c(2,2))？

我似乎无法弄清楚。

谢谢

library(dendextend)
dend15 <- c(1:5) %>% dist %>% hclust(method = "average") %>% as.dendrogram
dend15 <- dend15 %>% set("labels_to_char")
dend51 <- dend15 %>% set("labels", as.character(5:1)) %>% match_order_by_labels(dend15)
dends_15_51 <- dendlist(dend15, dend51)

par(mfrow = c(2,2))
tanglegram(dends_15_51)
tanglegram(dends_15_51)
tanglegram(dends_15_51)
tanglegram(dends_15_51)
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tl;dr：不能par(mfrow=...)与函数一起使用tanglegram，但可以使用layout。

解释：如果你仔细看 function tanglegram，你会看到 ( methods(tanglegram)) ，在下面，有几个方法，其中，dendextend:::tanglegram.dendrogram调用它来绘制缠结图（可以在dendextend:::tanglegram.dendlistfunction 内部看到）。

在这个函数内部，有一个调用layout：

layout(matrix(1:3, nrow = 1), widths = columns_width)

这会“擦除”您之前的设置par(mfrow=c(2, 2))并将其更改为c(1, 3)（仅针对函数的“时间”，因为在函数结束时，值被重置......）。

确实，在 的帮助页面中layout，它说：

这些函数与在设备上安排绘图的其他机制完全不兼容：par(mfrow)、par(mfcol) 和 split.screen。

结论：如果你想在同一个“窗口”中绘制多个缠结图，你需要在layout调用之前使用调用（有 12 个子部分：2 行和 6 列）并使用参数tanglegram抑制layout内部调用。tanglegramjust_one=FALSE

绘制多个缠结图的示例：

使用下面的代码，您可以获得所需的绘图（我将函数的默认宽度用于布局）：

layout(matrix(1:12, nrow=2, byrow=TRUE), widths=rep(c(5, 3, 5), 2))
tanglegram.dendlist_mod(dends_15_51, just_one=FALSE)
tanglegram.dendlist_mod(dends_15_51, just_one=FALSE)
tanglegram.dendlist_mod(dends_15_51, just_one=FALSE)
tanglegram.dendlist_mod(dends_15_51, just_one=FALSE)

在此处输入图像描述

这是通过更新 dendextend 包完成的，其中： 我修改了 2 个函数tanglegram.dendrogram并tanglegram.dendlist添加了一个just_one参数，该参数默认为TRUE并将layoutin的行更改tanglegram.dendrogram为：

 if (just_one) layout(matrix(1:3, nrow = 1), widths = columns_width)

我还抑制了par参数的重置，当然还更改了调用tanglegram.dendlist（现在称为tanglegram.dendlist_mod），因此它调用了新的修改函数，合并了just_one参数并将其传递给修改后的tanglegram.dendrogram函数。

于 2016-10-04T10:00:06.333 回答
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您可以创建多个图并在将它们放入文档时排列它们，而不是在单个图形设备中创建组合图。该knitr软件包使执行此操作变得容易，方法是使用fig.show = "hold"在单个 R 块中生成的多个图并指定相关的out.width，例如 50% 以连续两个图，当图放置在文档中时。

例如，在 R markdown ( .Rmd) 文件中，您可能有

```{r, fig.show = "hold", out.width = "50%", echo = FALSE}
suppressPackageStartupMessages(library(dendextend))
dend15 <- c(1:5) %>% dist %>% hclust(method = "average") %>% as.dendrogram
dend15 <- dend15 %>% set("labels_to_char")
dend51 <- dend15 %>% set("labels", as.character(5:1)) %>% match_order_by_labels(dend15)
dends_15_51 <- dendlist(dend15, dend51)
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1)
plot.new()
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1)
plot.new()
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1)
plot.new()
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1)
```

将其knit转换为 HTML 时，将如下所示：

在此处输入图像描述

我对代码做了一些修改：

  • 禁止来自dendextend.
  • 增加默认值margin_outer以避免与相邻图重叠的 x 轴标签。
  • plot.new()在对 的调用之间添加tanglegram，否则下一个图将绘制在前一个图之上（这是使用的结果，tanglegram通常layout在生成多个图时不需要）。

.Rnw在文件中可以使用相同的方法。如果您正在编译为 PDF（通过 LaTeX），您可以添加图形标题和子标题，请参阅knitr演示 #067 - 图形选项了解更多详细信息。

于 2016-10-04T13:24:47.110 回答