问题标签 [samtools]

我已经看到使用 varscan 的管道 samtools 如下

但是如何为 varscan trio 传输以下管道

我正在使用 subprocesss.run() 在 python 中运行 samtools 命令。代码如下：

我遇到了以下问题：

samtools 命令在终端中成功运行，但在 subprocess.run 中失败。

有谁知道这个错误的原因？太感谢了。

我正在使用 Picard 仅标记我阅读了 MarkDuplicates 手册的光学副本。我的脚本看起来像这样

当我使用 samtool 标志 0x400 时，我不确定我是否只得到光学副本，此时的任何建议都非常感谢。

我正在尝试将通过一次执行多个对齐生成的x个 bam 文件（对y个 fastq 文件的批次）合并到 Nextflow 中的一个 bam 文件中。

到目前为止，在执行对齐和排序/索引生成的 bam 文件时，我有以下内容：

${batchFastq}.bam包含一批y个 fastq 文件的 bam 文件在哪里。

此管道完成得很好，但是，当尝试samtools merge在另一个进程 (samToolsMerge) 中对这些 bam 文件执行时，该进程在每次运行对齐时运行（在本例中为 4），而不是为收集的所有 bam 文件运行一次：

输出为：

如何仅从生成的 bam 文件中获取miniMap2Bam并运行它们samToolsMerge一次，而不是多次运行该进程？

提前致谢！

编辑：感谢 Pallie 在下面的评论中，问题是将先前进程中的 runString 和 dirString 值输入 miniMap2Bam，然后输入 samToolsMerge，导致每次传递值时该过程都会重复。

解决方案就像从 miniMap2Bam 中删除 vals 一样简单（如下）：

我不断收到此错误；

但是当我尝试在 python3 中加载时，我得到了这个错误；

关于做什么的任何想法？

在对齐序列读数并转换为 BAM 后，我可以看到 9 个碱基缺失的存在。

这个删除区域也被 mpileup 和 bcftools 正确调用

在共有序列中，这部分是：

在 vcf 文件中，我确实看到这些 indel 突变具有比其他更多数量的删除突变读取。

总共 224 个读数中的 167+29 = 196 个显示删除。除了两端有一个碱基外，其他缺失重叠，占主导地位的比例相似。

有没有一种方法可以使删除的部分被删除（或用---------填充）而不是少数读取中的核苷酸产生共识？

我在samtools具有 8 个 CPU 的谷歌虚拟机上运行。似乎当该过程完成时，程序崩溃并给出以下错误。同时，水桶有问题，说明了这一点。有任何想法吗？保存文件有问题？

错误：

在存储桶目录中绑定 ls 时也会出现这种情况：

我正在使用该--use-conda选项运行 Snakemake。Snakemake 成功创建了环境，其中应该包括 pysam。我可以手动激活这个创建的环境，并在其中运行我的脚本split_strands.py，该脚本导入模块 pysam，没有任何问题。但是，在运行 Snakemake 管道时，我收到以下错误日志：

如您所见，虽然它说它是“激活 conda 环境”，但这似乎不是真的，因为随后找不到模块“pysam”，我已经验证在手动激活时会找到该模块。

这是指定规则的方式：

我已经验证了哈希 7c375b6b 对应于 python2.7.yaml 中指定的适当环境。

任何想法可能会发生什么？我的规则正在运行一个集群并通过 qsub 命令提交。

我正在尝试在管道时并行运行命令。原因是中间文件太大而无法保存，所以我可以丢弃它们

我有以下代码，它们可以单独工作：

我试过了：

但我通过 --dry-run 得到以下信息：

跑步给了我：

我尝试了其他一些变化，但没有成功。有任何想法吗？

我无法找到在基于 AWS linux 的操作系统中安装 Bioinformatics 和其他受支持的软件包的方法，而这些软件包在 ubuntu 中工作并且他们的文档说它们支持基于 linux 的操作系统。有什么命令可以解决这个问题吗？