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我在samtools具有 8 个 CPU 的谷歌虚拟机上运行。似乎当该过程完成时，程序崩溃并给出以下错误。同时，水桶有问题，说明了这一点。有任何想法吗？保存文件有问题？

错误：

username@instance-1:~/my_bucket$ /usr/local/bin/bin/samtools view -@20  -O sam -f 4 file_dedup.realign
ed.cram > file.unmapped.sam
samtools view: error closing standard output: -1

在存储桶目录中绑定 ls 时也会出现这种情况：

ls: cannot open directory '.': Transport endpoint is not connected
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正如我们在评论部分发现的那样，这个问题与FUSE 和 POSIX 文件系统之间的区别有关。

您可以通过两种方式解决此问题：

  1. 增加 VM 实例上的磁盘空间（按照文档Resize the disk和Resize the file system and partitions）并停止使用通过 FUSE 挂载的 Google Cloud Storage Bucket。
  2. 首先将接收samtools到的数据保存到 VM 的磁盘，然后将它们移动到通过 FUSE 挂载的 Google Cloud Storage Bucket。

您可以使用Google Cloud Pricing Calculator估算每种方案的成本。

请记住，永久性磁盘有一些限制，其中包括：

  • 每个永久性磁盘的大小最高可达 64 TB，因此无需管理磁盘阵列来创建大型逻辑卷。
  • 大多数实例最多可以有 128 个永久性磁盘和最多 257 TB 的总永久性磁盘空间。实例的总永久磁盘空间包括启动永久磁盘的大小。

此外，请查看Google Cloud Storage 的配额和限制。

于 2021-03-29T12:41:44.413 回答