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我正在使用 pysam 对 .bam 文件进行圆顶数据挖掘。我想检查读取是否有映射的伴侣。命令

如果没有映射伴侣，则会引发错误，所以如果我这样做了

这也会引发错误。还有其他方法可以检查读取是否有映射的伴侣？

谢谢。

我正在使用 python/pysam 来分析测序数据。在其命令伙伴的教程（pysam - An interface for reading and writing SAM files）中，它说：

'这种方法对于高通量处理来说太慢了。如果需要与其伙伴一起处理读取，请从读取名称排序的文件中工作，或者更好的是缓存读取。

您将如何“缓存读取”？

目前我正在尝试了解DEXSeq包。我有一个设计 tsv 文件和 7 个包含计数的文件。现在想运行以下命令

最后一个命令给出和错误

此错误是什么意思以及如何解决？加载包DEXSeq时出现警告

我有一个名为 samtools（1.3 版）的程序，用于处理从 DNA 测序实验中获得的文件。

下载的程序包含在一个文件夹中。要设置程序，我在终端中输入该文件夹（在 ubuntu 计算机上）。我进入突击队“make”。

它运行打印它所做的事情，但以错误消息终止：

我最初的反应（搜索互联网后）是没有安装 curses，我尝试使用 sudo 来解决这个问题（但显然我的用户不在 sudoers 列表中。

所以我尝试查看是否已经安装了curses，在咨询了互联网后我尝试了

这给出了输出：

我把它当作安装了诅咒。但这让我不知所措。但这至少应该意味着诅咒存在吧？我对使用 ubuntu 或 C 程序不是很有经验（很久以前我在 C 中学习过一个较小的课程，虽然我使用过很多 linux 计算机，但我主要使用终端进行导航）

乐于助人！

我正在尝试使用 pysam.view() 从 BAM 文件中过滤掉某些对齐。我面临的问题是如何在过滤器中包含多个区域。

pysam.view() 模拟 samtools view 命令，该命令允许输入由空格字符分隔的多个区域，例如：

但是对应的 pysam.view 调用：

不起作用。它不返回任何对齐方式。我很确定问题在于如何指定区域列表，因为以下命令可以正常工作：

并返回对齐方式。

我的问题是： pysam.view 是否支持多个区域以及如何指定此列表？我已经搜索了有关此的文档，但没有找到任何东西。

相对的unix新手。我有许多目录 ( Sample*/)，我想在其中使用 samtools 合并所有 raw.sort.bam 文件。我在每个目录中都有工作代码来执行此操作，但我想通过从父目录运行代码来一次处理所有目录。我的问题是我被迫使用完整路径调用 samtools，并且我无法弄清楚该路径将如何在 unix 循环中工作。

首先，这是我在每个目录中合并和转换的工作代码：

现在，我的非工作代码在从父目录运行时尝试对所有目录执行此操作：

错误：

提前致谢。

我正在尝试从 mpileup txt 文件中过滤掉插入和删除。插入或删除的一个例子是 +3ATG 或 -9AATCGTCTC。

在另一篇文章中，我找到了使用 perl 的解决方案：

引用来自表达式早期部分的匹配项的正则表达式

但是，该脚本将插入和删除写入特殊变量 $&。我想用新变量中的任何内容替换所有插入和删除。所以我的解决方案是相同的，但是在开始时替换并且什么都不替换，见下文。

$row =~ s/(\d+)(??{"."*$1})//xg;

有谁知道为什么它不起作用或替代解决方案？

我也很乐意匹配不是插入或删除的任何内容，并将其设为新变量。

这是输入的示例：

$,.................................,,..................,, ....，，G。，，，，，..，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，， ,.,......,,,,......,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,......,,......,,,,,, ,,,,,......,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,.,,.,,,...... ....................,,.,........,.,.,,....,... ........,,......................,,,,,,...... .............,,,,,,,,........,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,.+12GATGCTGTGTTT..,,,,,,,,.,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,.,,.,,-8tgatgctg,,,...,,..,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,..

这是我想要的输出示例：

$,.................................,,..................,, ....，，G。，，，，，..，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，， ,.,......,,,,......,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,......,,......,,,,,, ,,,,,......,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,.,,.,,,...... ....................,,.,........,.,.,,....,... ........,,......................,,,,,,...... .............,,,,,,,,........,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,.+..,,,,,,,,.,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,.,,.,,-,,,...,,..,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,..

干杯，

丹尼尔

我正在使用pysamPython 库来读取 Spark 中的 BAM 文件。我创建了一个包含“BAM”数据的 RDD。当我尝试使用类（pysam 库）filter的属性来处理数据时，火花会崩溃。运行和工作正常。我对 Spark 很陌生。query_sequenceAlignedSegmentdata.count()data.first()

这是我的代码：

我得到以下输出：

我正在使用该htslib库来读取 SAM/BAM 文件，它运行良好。我还可以将对齐写回新的 SAM/BAM 文件。

例如，以下代码打印比对的 DNA 序列：

问题：如何更改查询顺序？比如说，把第一个字母改成“T”？bam_get_seq返回一个读的序列，但是没有bam_set_seq函数？理想情况下，我正在寻找类似的东西：

如果我能弄清楚如何进行更新，我就知道如何将信息写入新的 SAM/BAM 文件。

我有一个 BAM 文件：

我需要阅读NM:i:0 AS:i:101 XS:i:0 RG:Z:group1我的 C++ 代码中的可选字段。我可以使用该htslib库来阅读除那些可选字段之外的所有内容。

htsib 库的源文件在Github 上。不幸的是，我找不到可以读取这些字段的函数。

问：如何使用 htslib 读取可选字段？