samtools - Samtools pysam 伴侣

Question

我正在使用 pysam 对 .bam 文件进行圆顶数据挖掘。我想检查读取是否有映射的伴侣。命令

mate = samfile.mate(read1)

如果没有映射伴侣，则会引发错误，所以如果我这样做了

if samfile.mate(read1): ...

这也会引发错误。还有其他方法可以检查读取是否有映射的伴侣？

谢谢。

Answer 1

AlignedSegment.mate_is_unmapped 应该适合你。请参阅pysam 的文档

if not read1.mate_is_unmapped:
    mate = samfile.mate(read1)
    ...

或者，您可以只捕获异常并继续前进，但依靠正常程序流的异常处理并不理想。