问题标签 [pysam]

我有一个给定的染色体编号和位置（chr1 和位置 1599812）。我想使用 python 的 pysam 模块来访问 bam 文件，以仅获取特定区域 chr1 和位置 1599812 的读取数字信息。我尝试过使用pileup()，但它需要一系列位置，而在我的情况下，我只想要一个特定位置而不是这样的范围。

我遇到了这个错误，我无法解决它。这是我得到的：

提前非常感谢。

我需要将一个非常大的 .bam 文件转换为 .bed 文件，尽管我通过使用 bedops 的 bam2bed 并行找到了一个解决方案，该并行支持 SEG 和 gnuParallel，我可以访问的两个集群仅支持 slurm 和扭矩调度程序，而我不对tcsh了解很多，我什至不能修改脚本来满足slurm和torque的要求。

由于我对 Python 稍有了解，我打算使用 Python 的多处理模块来执行此操作，但是，以下代码引发了一个奇怪的消息：

“Python 在使用 calignmentfile.so 插件时意外退出”

此消息是否意味着来自 pysam.AlignmentFile() 的读取不支持并行性，或者 Python 不支持这种并行性？我用一个普通的文本文件测试了这段代码，它运行良好（例如代码被注释了）。

我们有一个“ BAI ”格式的文件，需要使用.python script

我们需要一个python script将.BAI文件转换为"TSV"的文件。

我是python脚本的初学者。

我已经使用 Anaconda 在我的 Ubuntu 14.04 上安装了 python 和许多其他有用的工具。我安装了pysam（python的htslib接口）使用

但是，这会安装旧版本（0.6）。当前版本是 0.8.4。如何使用 conda 安装该版本。我不想使用pip install pysam，因为我在某处读过它可能会导致问题。

谢谢。

我正在使用 pysam 对 .bam 文件进行圆顶数据挖掘。我想检查读取是否有映射的伴侣。命令

如果没有映射伴侣，则会引发错误，所以如果我这样做了

这也会引发错误。还有其他方法可以检查读取是否有映射的伴侣？

谢谢。

我正在使用 python/pysam 来分析测序数据。在其命令伙伴的教程（pysam - An interface for reading and writing SAM files）中，它说：

'这种方法对于高通量处理来说太慢了。如果需要与其伙伴一起处理读取，请从读取名称排序的文件中工作，或者更好的是缓存读取。

您将如何“缓存读取”？

在使用 pysam 模块时，我试图将标准输出重定向到一个文件，如下所示：

虽然“print（'HEY'）”被写入reverse.sam，但“outfile.write（s）”不是。我应该怎么做呢？
谢谢马克

我正在尝试使用 pysam.view() 从 BAM 文件中过滤掉某些对齐。我面临的问题是如何在过滤器中包含多个区域。

pysam.view() 模拟 samtools view 命令，该命令允许输入由空格字符分隔的多个区域，例如：

但是对应的 pysam.view 调用：

不起作用。它不返回任何对齐方式。我很确定问题在于如何指定区域列表，因为以下命令可以正常工作：

并返回对齐方式。

我的问题是： pysam.view 是否支持多个区域以及如何指定此列表？我已经搜索了有关此的文档，但没有找到任何东西。

我正在尝试在 python 3.4 上安装 pysam 和 pybedtools 模块。但我得到一个错误：

你能帮我吗？