python - ValueError：迭代“Pysam”期间出错

Question

我遇到了这个错误，我无法解决它。这是我得到的：

Traceback (most recent call last):
 File "afile.py", line 100, in <module>
   for col in bam.pileup( chrm, ps1, ps1+1,truncate=True):
 File "pysam/calignmentfile.pyx", line 2060, in pysam.calignmentfile.IteratorColumnRegion.__next__
  (pysam/calignmentfile.c:23305)
 ValueError: error during iteration

提前非常感谢。

Answer 1

我最近打了这个。就我而言，根本原因是.baibam 索引文件已过期。在我用 重新生成它之后samtools index XXX.bam，pysam 崩溃消失了。