python - 在 Windows 上为 python 安装 samtools 时出错

Question

我正在尝试在 python 3.4 上安装 pysam 和 pybedtools 模块。但我得到一个错误：

Collecting pysam
  Using cached pysam-0.9.0.tar.gz
    Complete output from command python setup.py egg_info:
    '.' is not recognized as an internal or external command,
    operable program or batch file.
    # pysam: htslib mode is shared
    # pysam: htslib configure options: None
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "C:\Users\ikirov.CLO\AppData\Local\Temp\pip-build-_me_xeme\pysam\setup.py", line 212, in <module>
        sys.abiflags)]
    AttributeError: 'module' object has no attribute 'abiflags'

你能帮我吗？

Answer 1

嗨，我去年在我的一堂课上遇到了同样的错误。

正如我当时所知，pysam 根本不适用于 python3 + windows 环境。看到这个：https ://github.com/pysam-developers/pysam/issues/353看起来现在还没有解决。

对于我的家庭作业，我只是使用了这个http://bow.codeplex.com/

我的建议是，尝试使用 linux 或获取 python2。是的，我知道科学领域是 2->3 过渡最慢的。糟透了。