问题标签 [samtools]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
awk - 根据其他列的内容从 VCF 中提取变体位置
我有一个 vcf 文件，我正在尝试从这些列中提取信息：
但是，只有当 SAMPLE-1 列包含字符串 DeNovo（不是 DeNovoSV）并且 SAMPLE-1、SAMPLE-2 和 SAMPLE-3 都包含 PASS 时，我才想提取这些。
我试过使用 bcftools，见下文。
有没有办法使用 bcftools，或者将它与 awk 结合以获得我正在寻找的 vcf 文件格式的输出？
非常感谢
linux - Samtools 指数：染色体块不连续
我在尝试运行我的 RNA-seq 单读数据代码时不断收到此错误。这是在使用 STAR 索引基因组和对齐读数之后完成的。
提前谢谢你的帮助
bash - 如何在bash中按升序命名数百个文件？
我需要在云端下载300个文件，并按升序一个一个地命名。我可以通过运行以下代码来实现一次。'>' 之前的路径名是初始文件的位置，'>' 之后的路径名是我要保存的位置。
/Applications/samtools-1.14/samtools depth -r dna /Volumes/lab/plants/aligned_data/S1_dedup.bam > /Volumes/lab/students/test1.txt
我的问题是如何在循环（或其他）中将“S1_dedup.bam”和“test1.txt”中的数字从 1 更改为 300，而不是手动将数字硬编码 300 次。
encode - text encoding not readable on linux
I have a text file which has been previously readable in linux, then I modified some names in it manually on windows and now when I am running it on linux (using samtools), it cannot find exactly those names that I have changed manually
I suspect this is the windows to linux problem? the current encoding of the file is
then I tried to change it to Utf8
though the file encoding has still remained the same and still same errors. how should I fix it