问题标签 [samtools]

我在其他地方看到过类似的其他一些问题，但我似乎找不到适合我的解决方案。我正在尝试在 anaconda 上使用 python 运行 samtools。我正在运行macosx catalina。这是错误代码

我已经尝试了各种努力通过 anaconda 安装早期版本的 openssl，但它仍然显示我安装了 openssl 版本 1.1.1。

感谢您提供有关如何（a）通过 anaconda 安装早期版本的 openssl 或（b）直接 samtools 以评估早期版本的不同路径或（c）任何其他解决方案的任何指导。

在 OSX Catalina 上运行 samtools 时，我花了半天时间尝试各种方法来解决以下问题： dyld：未加载库：@rpath/libcrypto.1.0.0.dylib 引用自：/Users/brownbear/opt/anaconda3 /bin/samtools 原因：找不到图像 中止陷阱：6

我什至不能让命令行告诉我它是哪个版本（尽管我相信它是 1.9），似乎更新后的 conda 和 OSX 中的某些东西破坏了它。我在那里尝试了一切，但没有任何效果。我的最后一次尝试是这样，它奏效了......

是以下内容的组合： https ://www.biostars.org/p/173414/

https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/issues/13488

总而言之，我首先做了

找到了目录，然后做了

然后跑

在此 samtools 工作后，检查版本时，结果如下：

祝大家编码愉快！

我需要使用 OQ 标记将读取质量作为附加字段添加到使用 pysam 的 bam 文件中。

其他使用 samtools 等的传统方式会消耗更多时间并创建多个文件。

我尝试使用下面给出的脚本，但最终是无符号字符而不是质量得分字符串！任何帮助表示赞赏。

提前致谢。

例如。输入 bam：

预期输出 bam：

皮萨姆

python GenerateBamWithOQTag.py -i subset.bam -o subset_OQ.bam

我正在尝试确定提取未映射读数的最佳方法，其中一对伴侣都没有映射。目前，我的代码似乎只是提取所有未映射的读取，而不管它们的伴侣如何。我不知道该怎么做，因为我已经在使用 -f 选项来提取未映射的读取。我会再做一次 samtools 视图的迭代吗？

我正在尝试从 GEO/SRA 下载 BAM 格式的数据集，可用于在 RStudio 中进行分析。

我尝试使用这种方法：我下载 .sra 并将其转换为 .bam

但是，在 RStudio 中这不起作用，并返回一个错误，说它无法读取 bam 文件 这是我的 R 代码；我正在使用 RSamTools

有谁知道如何帮助我将 SRA 数据下载到可读的 .bam 文件中？任何帮助或指导将不胜感激，因为我真的想在最后期限之前完成。

我已经安装了 samtools，我之前在我的电脑上使用过它。我现在正试图让它工作，但是当我在终端（mac os）中输入 samtools 时，它返回“找不到命令”。我也导航到了我的 samtools 文件夹，但它仍然无法正常工作。我错过了什么吗？谢谢您的帮助

我正在从事一个生物信息学项目，该项目涉及非常大的 NarrowPeak格式文件，如下所示：

（列是 'chrom ,chromStart, chromEnd, name, score ,strand, signalValue ,pValue, qValue ,peak'）

我有一种方法来索引文件（在 samtools 中使用 tabix）并通过输入 chr 编号和范围并获取正确的行来查询一行（我正在使用它，因为我的队友说这是最快的方法）。

例如，如果我的查询是 chr1:713835-714424 我会得到结果：

我希望能够输入 chr num 和 range 并单独获得分数 253。

我通过将结果转换为数据框（使用熊猫）来做到这一点。

有没有更好的办法？

如果有使用 samtools 的方法，那将是最好的，但我很难理解它。

谢谢

您好，我只想对一组文件应用循环，但不是对我的所有文件都这样做，我只想对目录中的某些文件进行循环

这是我使用的命令，是基于 bowtie2 的基因组序列比对：

所以使用这个命令，bowtie2 会与我的所有文件对齐，但是鉴于在这个文件夹中有一些文件的 bowtie2 分析已完成，我不希望 bowtie2 再次对这些文件进行分析，所以，是否有任何子命令我可以添加到此循环以避免分析某些文件？

我正在使用 samtools faidx 提取与 BLAST 输出文件给出的范围匹配的序列（格式为表格 -outfmt 6）。不幸的是，有正向和反向的 BLAST 匹配。samtools faidx 可以毫无问题地处理前向范围。反向范围导致 samtools 给出错误消息。

语法是：

在反向匹配的情况下（“$start”>“$end”），错误信息是：

有谁知道 samtools 是否可以处理带有特定标志的反向输入？我还没有找到适合这种情况的脚本，是的，这在生物科学中应该很常见！

我正在尝试压缩和索引 VCF 文件并面临几个问题。

1. 当我使用 bgzip/tabix 时，它会抛出一个错误，指出由于某些未排序的值而无法对其进行索引。

2. 当我使用bcftools sort对此 VCF 进行排序以解决 #1 时，由于条目无效，它会引发错误。

3. 我尝试使用 linux 命令进行排序以绕过#2。但是，当我运行下面的代码时， 的大小fout.vcf几乎是 的一半fin.vcf，这表明可能出了问题。

如果您对以下方面有任何建议，请告诉我：

• 如何以安全可行的方式对 VCF 中有问题的输入进行排序/修复。（文件是340G，所以我不能简单地打开文件并编辑。）
• 为什么我的 linuxsort可能会以一种奇怪的方式表现。（即返回的文件比原始文件小得多。）

任何意见或建议表示赞赏！