bash - 使用 samtools 提取两个伴侣都未映射的未映射读取？

Question

我正在尝试确定提取未映射读数的最佳方法，其中一对伴侣都没有映射。目前，我的代码似乎只是提取所有未映射的读取，而不管它们的伴侣如何。我不知道该怎么做，因为我已经在使用 -f 选项来提取未映射的读取。我会再做一次 samtools 视图的迭代吗？

samtools view -@ 4 -buh -f4 sample${r}_pe.remove.sam > sample${r}_pe.unmapped.bam

Answer 1

要仅提取读取 1 未映射且读取 2 未映射（= 两个配对未映射）的读取：

samtools view -b -f12 input.sam > output.both_mates_unmapped.bam

在这里，选项是：

-b- 输出 BAM，
-f12- 过滤器仅读取带有标志：4（未映射读取）+ 8（未映射匹配）。

也可以看看：

解码 SAM 标志：https ://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html