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我正在使用 samtools faidx 提取与 BLAST 输出文件给出的范围匹配的序列(格式为表格 -outfmt 6)。不幸的是,有正向和反向的 BLAST 匹配。samtools faidx 可以毫无问题地处理前向范围。反向范围导致 samtools 给出错误消息。

语法是:

samtools faidx  file.faa  "$scaffold":"$start"-"$end"

在反向匹配的情况下(“$start”>“$end”),错误信息是:

>$Scaffold:$start-$end/rc
[faidx] Zero length sequence: $Scaffold:$start-$end

有谁知道 samtools 是否可以处理带有特定标志的反向输入?我还没有找到适合这种情况的脚本,是的,这在生物科学中应该很常见!

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我没有在 samtools 中看到云处理反向输入的任何特定“标签”。

尝试:

samtools faidx file.faa "$scaffold": "$end"-"$start"

它仍然是您想要的区域。如果您希望提取的序列反向(和互补)方向,请尝试一些在线工具

另外,这里是关于 BLAST 输出反转的解释

于 2021-07-06T06:49:58.293 回答