我正在尝试从 GEO/SRA 下载 BAM 格式的数据集,可用于在 RStudio 中进行分析。
我尝试使用这种方法:我下载 .sra 并将其转换为 .bam
prefetch GSM269238
sam-dump C:\Users\Desktop\sratoolkit.2.10.8-win64\bin\ncbi\SRA\sra\GSM2692389.sra --output-file GSM2692389.bam
但是,在 RStudio 中这不起作用,并返回一个错误,说它无法读取 bam 文件 这是我的 R 代码;我正在使用 RSamTools
> bamfiles <- list.files("directory redacted due to privacy", ".bam")
> file.exists(bamfiles)
[1] TRUE
>
>
> #---> Define bam files for count step on Rsamtools
>
> library("Rsamtools")
> bamfiles <- BamFileList(bamfiles, yieldSize=2000000)
> seqinfo(bamfiles)
Error in value[[3L]](cond) :
failed to open BamFile: SAM/BAM header missing or empty
file: 'GSM2692389.bam'
有谁知道如何帮助我将 SRA 数据下载到可读的 .bam 文件中?任何帮助或指导将不胜感激,因为我真的想在最后期限之前完成。