regex - Mpileup regex 命令删除插入缺失

Question

我正在尝试从 mpileup txt 文件中过滤掉插入和删除。插入或删除的一个例子是 +3ATG 或 -9AATCGTCTC。

在另一篇文章中，我找到了使用 perl 的解决方案：

引用来自表达式早期部分的匹配项的正则表达式

但是，该脚本将插入和删除写入特殊变量 $&。我想用新变量中的任何内容替换所有插入和删除。所以我的解决方案是相同的，但是在开始时替换并且什么都不替换，见下文。

$row =~ s/(\d+)(??{"."*$1})//xg;

有谁知道为什么它不起作用或替代解决方案？

我也很乐意匹配不是插入或删除的任何内容，并将其设为新变量。

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这是输入的示例：

$,.................................,,..................,, ....，，G。，，，，，..，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，， ,.,......,,,,......,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,......,,......,,,,,, ,,,,,......,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,.,,.,,,...... ....................,,.,........,.,.,,....,... ........,,......................,,,,,,...... .............,,,,,,,,........,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,.+12GATGCTGTGTTT..,,,,,,,,.,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,.,,.,,-8tgatgctg,,,...,,..,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,..

这是我想要的输出示例：

$,.................................,,..................,, ....，，G。，，，，，..，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，， ,.,......,,,,......,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,......,,......,,,,,, ,,,,,......,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,.,,.,,,...... ....................,,.,........,.,.,,....,... ........,,......................,,,,,,...... .............,,,,,,,,........,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,.+..,,,,,,,,.,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,.,,.,,-,,,...,,..,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,..

干杯，

丹尼尔

Answer 1

您已经拥有的模式的轻微变化应该可以工作：

$pileup = '$,...........................,,.................,,....,,g.,,,,,..,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,.,...............,,,.....,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,.....,,.....,,,,,,,,,,,......,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,.,,.,,,.............................,,.,.........,.,.,,....,..........,,......................,,,,,,...........................,,,,,,,,.....,..,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,.,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,.+12GATGCTGTGTTT..,,,,,,,,.,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,.,,.,,-8tgatgctg,,,...,,..,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,..';

$pileup =~ s/[+-](\d+)(??{"[ACGTN]{$1}"})//gi;

print($pileup, "\n");

产品

$,.................................,,..................,, ....，，G。，，，，，..，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，， ,.,......,,,,......,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,......,,......,,,,,, ,,,,,......,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,.,,.,,,...... ....................,,.,........,.,.,,....,... ........,,......................,,,,,,...... .............,,,,,,,,........,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,...,,,,,,,,.,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,.,,.,,,,,...,,..,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ..

您会注意到比示例输出短几个字符，因为您不小心留在了符号 [+-]

Answer 2

这就是你所追求的吗？

use feature qw(say);

my $DNA = ',...........,,....,,g.,,,,,,,,,,,.+12GATGCTGTGTTT..,,,,,.,,.,,-8tgatgctg,,,,,,,,..';

say $DNA;

$DNA =~ s/\d+[ATGCatgc]*//g;

say $DNA;

---

,...........,,....,,g.,,,,,,,,,,,.+12GATGCTGTGTTT..,,,,,.,,.,,-8tgatgctg,,,,,,,,..
,...........,,....,,g.,,,,,,,,,,,.+..,,,,,.,,.,,-,,,,,,,,..