bioinformatics - 如何使用 htslib/samtools 转换 SAM/BAM 读取？

Question

我正在使用该htslib库来读取 SAM/BAM 文件，它运行良好。我还可以将对齐写回新的 SAM/BAM 文件。

例如，以下代码打印比对的 DNA 序列：

    bam1_t *b = ...;
    int i;
    for (i = 0; i < b->core.l_qseq; ++i) {
        printf("%c", seq_nt16_str[bam_seqi(bam_get_seq(b),i)]);
    }

问题：如何更改查询顺序？比如说，把第一个字母改成“T”？bam_get_seq返回一个读的序列，但是没有bam_set_seq函数？理想情况下，我正在寻找类似的东西：

 bam_set_seq(b, 'TTTT') # My new DNA sequence

如果我能弄清楚如何进行更新，我就知道如何将信息写入新的 SAM/BAM 文件。