bash - 如何使用 varscan trio caller 管理 samtools mileup？

Question

我已经看到使用 varscan 的管道 samtools 如下

samtools mpileup -f reference.fasta sample1.bam sample2.bam | java -jar VarScan.jar mpileup2snp

但是如何为 varscan trio 传输以下管道

#Generate a three-sample mpileup
samtools mpileup -B -q 1 \
     -f ref.fasta \
     dad.bam mom.bam child.bam > trio.mpileup

#Run VarScan trio
varscan trio \
     trio.mpileup \ #this is input
     trio.mpileup.output \ #this is output
     --min-coverage 10 --min-var-freq 0.20 --p-value 0.05 \ 
     -adj-var-freq 0.05 -adj-p-value 0.15

Answer 1

不知道是否varscan支持这个（甚至它是什么），但试试

#Generate a three-sample mpileup
samtools mpileup -B -q 1 \
     -f ref.fasta \
     dad.bam mom.bam child.bam |

varscan trio \
     - \
     trio.mpileup.output \
     --min-coverage 10 --min-var-freq 0.20 --p-value 0.05 \ 
     -adj-var-freq 0.05 -adj-p-value 0.15

如果您使用 Bash，您可以替换-为/dev/stdin应该看起来varscan像任何其他文件名的文件名。