rna-seq - MarkDuplicates Picard

Question

我正在使用 Picard 仅标记我阅读了 MarkDuplicates 手册的光学副本。我的脚本看起来像这样

#!/usr/bin/bash
java -jar build/libs/picard.jar MarkDuplicates \
      I=sorted.bam \
      O=mark_opticalduplicate.bam \
      MAX_OPTICAL_DUPLICATE_SET_SIZE=300000 \
      TAGGING_POLICY=OpticalOnly \
      M=markedoptical_dup_metrics.txt

当我使用 samtool 标志 0x400 时，我不确定我是否只得到光学副本，此时的任何建议都非常感谢。