问题标签 [qiime]

每次我尝试运行任何 qiime 脚本时，都会出现以下错误：

我有 Ubuntu 14.04.2 LTS（GNU/Linux 3.13.0-55-generic x86_64），qiime 1.9，python 2.7.6

有什么想法吗？

我正在使用 trnL 叶绿体基因从食草动物粪便中识别植物，目前正在尝试将分类学分配给来自我的 Illumina 输出的 trnL 序列。这是我想运行的 QIIME 脚本和选项：

我有来自我们数据管道的输入文件，以及来自 NCBI GenBank（205,703 个序列）的参考文件。但是，我没有制表符分隔的分类文本文件。通常我会从 Excel 生成一个，但由于 FASTA 文件太大（超过 500 MB），它无法在 Excel 中完全查看，因此无法可靠地编辑。

我的问题是，有没有一种命令行方法可以从我的参考 FASTA 文件中生成我自己的制表符分隔的分类文件，如果有，我该怎么做？如果没有，在“assign_taxonomy.py”QIIME 脚本中处理此必需选项的其他选项是什么？

当 matlplotlib 运行时（来自 summarise_taxa_through_plots.py）我得到了错误：

我在很多站点都看到了这个问题，解决方案是更改用户的 matplotlirc 或全局的：

至

我更改了全局 matplotlibrc。

现在，当我使用 matplotlib 运行程序时，我得到：

任何想法？

嘿嘿，

当我尝试QIIME使用来自的系统调用进行调用时R，即

R停止响应。不过，其他命令行程序没问题。

某些程序不能通过Rvia调用system2()吗？

MacQIIME 版本：MacQIIME 1.8.0-20140103

采购 MacQIIME 环境变量...

这与普通终端 shell 相同，除了您的默认 python 是不同的 (/macqiime/bin/python) 并且在您的 PATH 中还有其他与 QIIME 相关的新内容。

（请注意，我也主要有兴趣从失败中调用。QIIME但我强烈怀疑这些问题是相关的）R Markdownengine = "sh"

我在尝试基于两个 OTU 表（本质上是一个丰度矩阵）运行 cor.test 时遇到了一些问题。

我有一个包含 8 个不同采样点（第 1 到 44 列）的表格，对于每个采样点，我测量了一个变量（VARIABLE1，第一行）和一系列物种的存在（行上的 OTU）。在这里，您可以看到这些 OTU 表如下所示的示例：

样本 1 - 8 是列

我有两个 .biom 格式的表。我想计算配对样本之间的 spearman 相关系数 (R)（例如 sample1（OTU 表 1）与 sample1（OTU 表 2）；sample2（OTU 表 1）与 sample2（OTU 表 2）等）对于每个 OTU。我有大约 100 个样本和 4000 个 OTU 的丰度数据。因此，我想为 4000 个 OTU 中的每一个计算 44 对数据的相关系数。所以基本上每个样本只关联一个~4k长的向量。

最后，我将取每个样本的 4k 长向量的相关平均值，并将这些平均值绘制在散点图上。

请记住，我所有的丰富数据都是这种 .biom 格式！我已将其全部转换为 .txt 以使其更易于操作。

再次感谢！！

如下所示的示例：

以下是一些示例数据：

OTU表1： https ://1drv.ms/u/s!Ah_Q0DzXKdX-gZUl8SCetQdYE8S3CA

OTU表2： https ://1drv.ms/u/s!Ah_Q0DzXKdX-gZUnaIwEIJiYMnrQIA

我有一个非常大的 OTU（丰度）表。每个样本（4000 个分类单元）有 100 多个样本和 4000 个观测值。

OTU 表的示例如下：

我想以长格式获取此表，以便我可以在另一个表上的样本之间执行一些成对测试。我只对计数数据感兴趣，尽管如果我可以拥有它们属于两个的样本和相应的 OTU，我会接受它，但没有必要。数据应如下所示：

我的脚本似乎可以工作，尽管我确实收到了 NO id variable 错误消息，但它仍在运行。如果有人知道如何解决这个问题，我将不胜感激。

请帮忙！

嗨，我制作了这个脚本来从 qiime 使用 silva 数据库获得的 OTUs 文件中提取所有门，我添加了一个子程序来消除重复的分类单元并提取所有没有冗余的（每个分类单元之一），我的问题是我只是得到 las 线（只有一种分类群）

我有两种从 qiime 分析获得的格式，一种从 silva 数据库获得，另一种从 GreenGenes 获得。这些文件之间的区别在于，silva 文件对每个分类单元都有一个渐进的 D_number（kingdom= D_0__，phylum= D_1__，clase= D_2__ 等等），而 GreenGenes 文件对每个分类单元都有一个字母（kingdom= K__，phylum= p__ , 类= c__ 等等）

所以我在 Perl 中制作了两个脚本（一个用于 Silva，一个用于 GreenGenes）以将每个分类单元提取到一个单独的文件中。

我正在尝试在两种格式的匹配部分中合并一段代码，我的意思是：

在第 16 行，我想要两个选项，例如：

好吧，我知道这行不通

那么如何在同一行中为匹配正则表达式添加两个或多个选项？

这是脚本的一部分（它有 6 个选项，我只写王国选项！！）：

谢谢

我有一个 perl 脚本的一部分，用于从 6 种不同格式的文件中提取 id 列表：

该代码目前可以很好地将 id 添加到数组中，除了最后一种格式，列表分隔文件，我试图在接下来的 2 行中添加一个 \n：

但是当文件格式为列表时，它不会将 ids 添加到数组中！！！...... 任何想法 ？？？

非常感谢

我正在尝试将QIIME 脚本作为模块导入。当我通过 linux cmd 调用它时，该脚本可以工作，但是当我将 QIIME 脚本作为模块导入时，我得到了错误

skbio 的以下行似乎有问题：

我的 IDE 是 Spyder。第一次出现错误后，我将控制台（在工具菜单中）更改为与包含 QIIME 包的 VirtualENV 相同的 python 解释器。我正在运行 python 2.7。我的 VirtualENV 在我的 pythonpath 中。有什么我可以添加到我的路径来解决这个问题的吗？在此先感谢，我是导入脚本的新手。