r - 使用 R 的系统调用调用 Qiime

Question

嘿嘿，

当我尝试QIIME使用来自的系统调用进行调用时R，即

system2("macqiime")

R停止响应。不过，其他命令行程序没问题。

某些程序不能通过Rvia调用system2()吗？

MacQIIME 版本：MacQIIME 1.8.0-20140103

采购 MacQIIME 环境变量...

这与普通终端 shell 相同，除了您的默认 python 是不同的 (/macqiime/bin/python) 并且在您的 PATH 中还有其他与 QIIME 相关的新内容。

（请注意，我也主要有兴趣从失败中调用。QIIME但我强烈怀疑这些问题是相关的）R Markdownengine = "sh"

Answer 1

根据我的经验，当您从 unix 命令行调用 Qiime 时，它​​通常会创建自己的虚拟 shell 来运行其命令，这与 ls 或 mv 等常规系统命令不同。我怀疑您可能无法在 R 中运行 Qiime，除非您模拟 Qiime 所需的相同外壳或配置。我试图从 python 脚本运行它，但没有成功。