r - 使用两个矩阵之间的配对样本之间的 cor 计算 Spearman 相关性 Rho

Question

我在尝试基于两个 OTU 表（本质上是一个丰度矩阵）运行 cor.test 时遇到了一些问题。

我有一个包含 8 个不同采样点（第 1 到 44 列）的表格，对于每个采样点，我测量了一个变量（VARIABLE1，第一行）和一系列物种的存在（行上的 OTU）。在这里，您可以看到这些 OTU 表如下所示的示例：

样本 1 - 8 是列

#OTUID  1   2   3   4   5   6   7   8
OTU1    0   0   0   0   0   3   0   0
OTU2    0   0   0   0   0   0   13  0
OTU3    5   99  0   0   0   0   0   0
OTU4    0   0   0   0   0   0   0   0
OTU5    0   0   0   0   0   0   0   2
OTU6    0   0   19  0   9   236 59  2
OTU7    0   55  0   2   4   2   3   0
OTU8    0   44  10  5   0   0   7   0
OTU9    6   0   13  2   0   0   17  6
OTU10   0   100 0   0   0   3   0   0
OTU11   4   13  0   0   2   1   2   0
OTU12   0   0   0   0   0   101 1   0

我有两个 .biom 格式的表。我想计算配对样本之间的 spearman 相关系数 (R)（例如 sample1（OTU 表 1）与 sample1（OTU 表 2）；sample2（OTU 表 1）与 sample2（OTU 表 2）等）对于每个 OTU。我有大约 100 个样本和 4000 个 OTU 的丰度数据。因此，我想为 4000 个 OTU 中的每一个计算 44 对数据的相关系数。所以基本上每个样本只关联一个~4k长的向量。

最后，我将取每个样本的 4k 长向量的相关平均值，并将这些平均值绘制在散点图上。

请记住，我所有的丰富数据都是这种 .biom 格式！我已将其全部转换为 .txt 以使其更易于操作。

再次感谢！！

如下所示的示例：