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在使用nosetests. 我希望我的调用warn.filterwarnings只对单个文件是本地的，但是如果我使用nosetests调用测试的任何文件warn.filterwarnings，警告都会在所有测试中过滤。例如（来自scikit-bio 代码库），skbio/math/diversity/beta/tests/test_base.py没有对 的调用warn.filterwarnings，因此如果在测试期间生成警告，则会按预期将其打印到屏幕上：

但是，在 中skbio/core/alignment/tests/test_pairwise.py，有对 的调用warn.filterwarnings。如果我之前运行这些测试skbio/math/diversity/beta/tests/test_base.py，则不会打印上述警告：

我想skbio/math/diversity/beta/tests/test_base.py打印警告，即使warn.filterwarnings从其他测试文件中调用了其他。在实践中，我最终也会对其进行过滤，但我想知道是否还有其他警告没有被我的测试套件中其他地方的测试捕获。

如何确定/找到任何基因组中最长的多聚嘌呤束（连续的 As 和 Gs，没有散布的 C 或 T，反之亦然），这需要在大肠杆菌基因组上。是找出多聚嘌呤束然后找出最长的链吗？还是将内含子和外显子从 DNA 上剪下来？由于大肠杆菌的基因组长 460 万个 BP，我需要一些帮助来分解它吗？

与您从 pycogent 中的实现获得的结果相比，skbio 中的实现给出了一个奇怪的结果。

输出如下所示：

我想使用以下命令通过 pip 安装 python 库 scikit-bio：

在我的系统上：

但是，这会导致错误：

我已经运行sudo apt-get update并sudo apt-get upgrade获取已安装软件的最新版本。

我的 GCC 版本是：

如何成功安装 python 的 scikit-bio 包？

我刚刚使用 pip3 安装了 numpy 和 scikit-bio。如果我在交互式会话中导入 DNASequence，我会收到一条错误消息：

运行“pip3 list”显示安装了六个 1.8.0。更奇怪的是，如果我重复导入语句，DNASequence 会正确加载。知道是什么导致了这种行为吗？

我正在运行 Mac OS X 10.9.5 (Mavericks)、Python 3.4.1（通过自制软件安装）。

在 Mac 上安装了 scikit-bio，并安装了 scikit-bio 的依赖项。收到以下错误。包括追溯。按照https://pypi.python.org/pypi/scikit-bio上的说明进行 skbio 测试并使用“conda install scikit-bio”安装，没有错误或问题。

有人可以帮助我了解我在哪里遇到问题吗？谢谢

当尝试使用 Python 2.78 和 Visual C++ 2008 Express Edition 在 Windows XP 上通过 pip 安装 scikit-bio 工具包时，该过程被 VC 发出以下消息中断：

关于这个错误，微软开发者网络网站只是说：

我（还）没有尝试在 Linux（Ubuntu 12.04 Precise）下安装 scikit-bio，但我的印象是它可以正常工作（就像 Linux 一样）。

有没有人在Windows（XP、7、8）下成功安装过scikit-bio？有什么提示吗？

提前致谢！

我已经在我的 mac 上安装了 scikit-bio，当我运行时python -m skbio.test，我收到以下错误：

这可以基于我的PATH吗？

-macqiime 位于用户目录中。

是否可以输出 CDS 特征的基因位置，还是我需要自己解析“位置”或“补充”字段？

例如，

会输出：

位置 = <1..206

位置 = 687..3158

对于这个样本 GenBank 文件。

这个功能在 BioPython（见这个线程）中是可能的，我可以输出已经解析的位置（例如 start = 687，end = 3158）。

谢谢！

Scikit-bio软件包未安装。我有 numpy 1.9.1。我尝试从命令提示符安装

C:\Python34\Scripts>pip 安装

C:/Users/mgi14-9419/Downloads/scikit-bio-0.4.0.tar.gz

我收到以下错误

错误追踪