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我想使用以下命令通过 pip 安装 python 库 scikit-bio：

sudo pip install scikit-bio

在我的系统上：

uname -a
Linux grassgis 3.2.0-69-generic-pae #103-Ubuntu SMP Tue Sep 2 05:15:53 UTC 2014 i686 i686 i386 GNU/Linux

但是，这会导致错误：

gcc -pthread -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/include -I/usr/include/python2.7 -c skbio/alignment/_ssw/_ssw_wrapper.c -o build/temp.linux-i686-2.7/skbio/alignment/_ssw/_ssw_wrapper.o
    In file included from skbio/alignment/_ssw/ssw.h:17:0,
                     from skbio/alignment/_ssw/_ssw_wrapper.c:355:
    /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.6/include/emmintrin.h:32:3: error: #error "SSE2 instruction set not enabled"
    /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/include/numpy/__multiarray_api.h:1532:1: warning: ‘_import_array’ defined but not used [-Wunused-function]
    /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/include/numpy/__ufunc_api.h:226:1: warning: ‘_import_umath’ defined but not used [-Wunused-function]
    error: command 'gcc' failed with exit status 1

我已经运行sudo apt-get update并sudo apt-get upgrade获取已安装软件的最新版本。

我的 GCC 版本是：

gcc --version
gcc (Ubuntu/Linaro 4.6.3-1ubuntu5) 4.6.3

如何成功安装 python 的 scikit-bio 包？

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1 回答 1

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此问题之前由使用 i686 机器的用户在 scikit-bio 问题跟踪器上报告。编译 SSW（scikit-bio 附带的外部 C 程序）时发生错误。SSW 的作者建议传递-msse2给编译器来解决这个问题。

一个修复程序被合并到 scikit-bio 的开发分支中，以包含 i686 机器的这个标志。

如果您正在安装 scikit-bio 的发行版，您可以通过CFLAGS命令行指定此标志：

CFLAGS=-msse2 pip install scikit-bio

或者：

sudo CFLAGS=-msse2 pip install scikit-bio

setup.py或者，可以修改scikit-bio 的文件以包含'-msse2'在 SSW 的extra_compile_args.

于 2014-11-08T06:09:48.723 回答