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我刚刚使用 pip3 安装了 numpy 和 scikit-bio。如果我在交互式会话中导入 DNASequence,我会收到一条错误消息:

>>> from skbio.sequence import DNASequence
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/local/lib/python3.4/site-packages/skbio/__init__.py", line 64, in <module>
    from skbio.stats.distance import DistanceMatrix
  File "/usr/local/lib/python3.4/site-packages/skbio/stats/distance/__init__.py", line 293, in <module>
    from ._base import (DissimilarityMatrixError, DistanceMatrixError,
  File "/usr/local/lib/python3.4/site-packages/skbio/stats/distance/_base.py", line 11, in <module>
    from future.utils.six import StringIO, string_types
ImportError: No module named 'future.utils.six'

运行“pip3 list”显示安装了六个 1.8.0。更奇怪的是,如果我重复导入语句,DNASequence 会正确加载。知道是什么导致了这种行为吗?

我正在运行 Mac OS X 10.9.5 (Mavericks)、Python 3.4.1(通过自制软件安装)。

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future这是对版本 0.14.0中的包进行更改时出现的问题(删除future.utils.six,如此所述)。

我们已经在 scikit-bio 的开发版本中修复了这个问题,但与此同时,您可以在发布版本中再次使用,如下所示:

pip uninstall future pip install future==0.13.1

如果您有兴趣,请参阅此处以获取有关该问题的更多讨论。

于 2014-10-08T12:38:55.660 回答