问题标签 [skbio]

我正在尝试使用scikit-bio读取 fastq 格式的文本文件。

鉴于它是一个相当大的文件，执行操作非常慢。

最终，我试图将 fastq 文件复制到字典中：

这里大部分时间都是在读取文件的时候用到的：

我的理解是不验证序列会提高运行时间，但情况似乎并非如此：

所以我的问题是，首先为什么不verify=False提高运行时间，其次是否有更快的方法使用 scikit-bio 来读取序列？

我正在尝试将QIIME 脚本作为模块导入。当我通过 linux cmd 调用它时，该脚本可以工作，但是当我将 QIIME 脚本作为模块导入时，我得到了错误

skbio 的以下行似乎有问题：

我的 IDE 是 Spyder。第一次出现错误后，我将控制台（在工具菜单中）更改为与包含 QIIME 包的 VirtualENV 相同的 python 解释器。我正在运行 python 2.7。我的 VirtualENV 在我的 pythonpath 中。有什么我可以添加到我的路径来解决这个问题的吗？在此先感谢，我是导入脚本的新手。

我的机器上安装了 python 2。我想在我的代码的某些部分使用 skbio 模块。我尝试安装 skbio（pip install scikit-bio），但它说它不支持 python 2，它仅在 python 3 中可用。我什至尝试在我的代码中从未来导入 skbio，但它不起作用。有什么办法可以为我的 python 2 版本安装和使用 skbio 模块吗？

提前致谢。

嘿，skbio 团队。

所以我需要允许 DNA 或 RNA MSA。当我执行以下操作时，如果我忽略了 alignment_fh.close() skbio 会读取 except 块中的“非标题”行，这让我认为我需要先关闭文件，以便它从头开始，但如果我添加alignment_fh.close() 我无法让它读取文件。我试过通过各种方法打开它，但我相信 TabularMSA.read() 应该允许文件或文件句柄。想法？谢谢！

我正在处理来自几个不同样本站（站）的一组物种计数（计数）。我已经使用 scikit-bio 的 pw_distance 函数计算了每对可能的样本站之间的 Bray-Curtis 相似度。这会产生一个距离矩阵，其值介于 0 和 1 之间。到目前为止一切都很好。

我想使用该距离矩阵生成树状图，显示样本站如何聚集在一起。我正在使用 scipy 的 hierachy.linkage 函数来查找树状图的链接，然后使用 hierarchy.dendrogram 进行绘图。

这是我的代码：

这是上述代码生成的树状图的链接

据我了解，树状图上的距离应对应于 Bray-Curtis 相似度（类似于距离），但树状图上的距离值最大超过 30。这是正确的吗？如果不是，我如何缩放我的距离以对应样本站之间的 Bray-Curtis 相似性？如果它是正确的，树状图上的距离真正对应的是什么？

我使用以下代码从 Spyder 3 安装 scikit-bio，但它显示错误。因此，有人可以帮忙吗？非常感谢

代码：import pip pip.main (['install', 'scikit-bio'])

错误：命令 "C:\Users\vanna\AppData\Local\Continuum\anaconda3\pythonw.exe -u -c "import setuptools, tokenize; file ='C:\Users\vanna\AppData\Local\Temp\pip-build-_nvm7kff\scikit-bio\setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)( file );code=f .read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, file , 'exec'))" install --record C:\Users\vanna \AppData\Local\Temp\pip-cpfgc63d-record\install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" 在 C:\Users\vanna\AppData\Local\Temp\ 中出现错误代码 1 失败pip-build-_nvm7kff\scikit-bio\

我正在尝试对我的下一代数据进行离散错误发现率校正。根据所有者代码，我需要设置以下环境： conda create -n dsfdr2 python=3.5 numpy scipy jupyter scikit-learn scikit-bio statsmodels （我在 64 位 Windows 7 系统上使用 miniconda）。

但是，当我运行命令时，出现以下错误：

UnsatisfiableError：发现以下规范存在冲突：

• 蟒蛇=3.5
• scikit-bio -> python[version='>=3.6,<3.7.0a0'] 使用“conda info”查看每个包的依赖关系。

进一步研究，scikit-bio 似乎需要 python 3.5。scikit 网站（https://pypi.org/project/scikit-bio/0.2.3/）说它应该与 v3.4+ 兼容）。

任何建议将不胜感激。@skbio

我正在使用来自 skbio (0.5.4) 的 smith-waterman 的包装版本，但我有一个未预料到的错误：

_，得分，_ = local_pairwise_align_ssw(protein_list[idx1]，protein_list[idx2]，substitution_matrix = blosum62)
文件“/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skbio/alignment/_pairwise.py”，第 732 行，在local_pairwise_align_ssw
validate=False)
文件“/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skbio/alignment /_tabular_msa.py”，第 785 行，在 __init__ 中
reset_index=minter 为无，索引为无）
文件“/anaconda3/lib /python3.6/site-packages/skbio/alignment /_tabular_msa.py”，第 1956 行，在扩展
self._assert_valid_sequences(sequences)
文件“/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skbio/alignment /_tabular_msa. py"，第 2035 行，在 _assert_valid_sequences
% (length, expected_length))
ValueError：每个序列的长度必须与 MSA 中的位置数匹配：232 ！= 231

奇怪的是，有时错误出现在蛋白质对 0-10 上，而其他蛋白质对出现在 0-116 上。所以，我不相信这是来自蛋白质的错误。

我正在尝试在我的 python 脚本中运行 skbio 并不断收到错误：ModuleNotFoundError: No module named 'skbio.core.' 我在运行 Mojave 版本 10.14.3 的 Mac 上

我尝试了以下方法：

1) 像这样更新 bash 脚本无济于事（根据 post Pelican 3.3 pelican-quickstart error "ValueError: unknown locale: UTF-8" 的建议）：

也不会将默认值更改为 Python 3

2）我已经使用 PIP 多次重新安装了 scikit-bio

这是我正在运行的代码：

我希望它应该运行（虽然还没有输出任何东西）但一直卡在 ModuleNotFoundError 上。

任何帮助都会很棒，谢谢！！

我正在运行 Python 3 并安装了skbio v0.5.5。按照本教程中的示例，我正在尝试为某些 skbio 类运行导入语句，但出现错误。例如，

结果是

ImportError：无法从“skbio.alignment”导入名称“Alignment”

还，

结果是

ImportError：无法从“BiologicalSequence”导入名称“Alignment”

我该如何解决这个问题？