python - skbio 模块的 ImportError

Question

我正在运行 Python 3 并安装了skbio v0.5.5。按照本教程中的示例，我正在尝试为某些 skbio 类运行导入语句，但出现错误。例如，

from skbio.alignment import Alignment

结果是

ImportError：无法从“skbio.alignment”导入名称“Alignment”

还，

from skbio import BiologicalSequence

结果是

ImportError：无法从“BiologicalSequence”导入名称“Alignment”

我该如何解决这个问题？

Answer 1

该类Alignment来自旧版本的skbio库，特别是 0.3 之前的版本。

如果您想使用这些类，您需要安装该版本之前的 scikit-bio，方法如下：

pip install scikit-bio==0.2

如果您只是阅读应用生物信息学简介这本书，就像您在评论中提到的那样，最好使用该书的最新版本，它将使用最新版本的 scikit-bio 库。