skbio - 从 GenBank 文件中输出基因位置

Question

是否可以输出 CDS 特征的基因位置，还是我需要自己解析“位置”或“补充”字段？

例如，

seq = Sequence.read(genbank_fp, format='genbank')
for feature in seq.metadata['FEATURES']:
    if feature['type_'] == 'CDS':
        if 'location' in feature:
            print 'location = ', feature['location']
        elif 'complement' in feature:
            print 'location = ', feature['complement']
        else:
            raise ValueError('positions for gene %s not found' % feature['protein_id'])

会输出：

位置 = <1..206

位置 = 687..3158

对于这个样本 GenBank 文件。

这个功能在 BioPython（见这个线程）中是可能的，我可以输出已经解析的位置（例如 start = 687，end = 3158）。

谢谢！

Answer 1

例如，您可以Sequence使用以下代码仅获取该功能的对象：

# column index in positional metadata
col = feature['index_']
loc = seq.positional_metadata[col]
feature_seq = seq[loc]
# if the feature is on reverse strand
if feature['rc_']:
    feature_seq = feature_seq.reverse_complement()

注意：GenBank 解析器是在开发分支中新增的。