问题标签 [qiime]

这是我在qiime 论坛上分享的R 脚本的顶部。该脚本旨在为多个 fastq 文件制作元数据文件。我如何编辑它以运行而不需要每次都编辑但我似乎无法告诉它使用当前的工作主管

这是问题代码：

及其错误：

我想在 Docker 容器上使用 QIIME2 分析数据。请注意，这是我第一次使用 Docker。我创建了图像，然后创建了容器，并开始成功分析一小部分数据样本。但是，管道的一个步骤系统性地失败，并出现以下错误消息，抱怨剩余空间：

日志文件并没有对我说太多：

但是还有很多空间...

我的图像不大（6G），inode 也可以。我要分析的输入文件很小，只是一个测试。

我发现了一些其他具有相同问题的主题，但我可以尝试的所有方法都失败了。

我试过了 ：

-删除所有退出的容器和悬空的图像

-升级 Docker

- 将 TMPDIR 环境变量设置为 /custom_tmp/ 我自己在容器中创建的。我尝试了几种方法：在 QIIME2 环境中，在容器内但不在 QIIME2 环境中，在 Dockerfile 中添加 ENV TMPDIR="/cutom_tmp"/ 然后重建图像。

- 将 TMPDIR 环境变量设置为在主机服务器上创建的 /tmp_mount/，然后将容器作为卷安装

在每种情况下都会出现相同的问题。我的猜测是，也许 Docker 想要写入自己的 tmp 目录，也许是那些只剩下 64M 的“tmpfs”之一（见下面的命令结果），也许我不能用 TMPDIR 变量解决这个问题，但我被卡住了那里...

非常感谢您的关注和建议。

操作系统：Ubuntu 14.04。

df -h

码头工人版本

环境

我有一个在 python 3.6 虚拟环境中运行的烧瓶应用程序，需要从该应用程序运行 qiime2 命令。qiime2 安装在 miniconda 虚拟环境中。我的 ubuntu 在 /usr/bin 中有 python 3.6，但是“which python”返回：/home/****/miniconda3/bin/python 版本为 3.7.1

我使用“subprocess.run”来运行 qiime2 命令。但是有些命令（例如 demux、quality-filter）可以工作，有些命令（例如 deblur）会出现以下错误：

[Errno 2] 没有这样的文件或目录：'deblur'

我的 subprocess.call 如下：

我还尝试手动激活 conda 环境，如下所示：

但它仍然不起作用。如果我在 qiime2 conda 环境中从终端运行命令，它可以工作。

我们必须在 python 环境中运行烧瓶应用程序。

任何人都可以帮我一些想法吗？

问候，

我已经从 .tar.gz 包中安装了一个程序（biom，因为即使它已经过时，我也需要它来编写 qiime 脚本）。问题是当我运行 qiime 脚本时，R 正在寻找不同的来源

(/home/username/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4, /home/username/anaconda2/lib/R/library)

比我安装的 R 实例（3.30），它正在查看

("/home/username/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3" "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library" "/usr /lib/R/库")

Biom安装在/home/username/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3，所以qiime R-instance看不到。我怎样才能让qiime的R看到biom？

我尝试将我的 R 实例从不支持 biom 的 3.5 降级到支持 biom 的 3.3。

我正在尝试重新格式化文本文件，以便可以将其上传到管道 (QIIME2) - 我测试了 .txt 文件的前几行（但它是制表符分隔的），并且转换成功。但是，当我尝试在整个文件上运行脚本时，我遇到了一个错误：

我已经确定文件编码是 Utf8，所以我不确定问题出在哪里。

我还查看了一些与错误相关的行，我无法从视觉上识别任何非正统字符。

我尝试使用以下方法强制对其进行编码：

但是，产生的错误是：

我的理解是，在该位置出现的任何字符都不能使用 utf-8 编码读取/翻译，但我不确定为什么说文件是用 utf-8 编码的。

我在 Linux 上运行它，数据本身是来自 BOLD 数据库的序列信息（如果其他人在尝试将其转换为适合 QIIME2 的格式时遇到类似问题）。

我正在尝试在 Mac 上使用终端安装 qiime1 环境。目前收到一条错误消息，提示找不到 matplotlib 1.4.3 的包。

我是新手QIIME。通过遵循 Illumina 概述教程，我运行了：

然后我收到一条错误消息：

我也尝试运行命令

!qiime,!MacQIIME和!QIIME, 但我的电脑也找不到这些命令。

我已经安装了QIIME，命令：

效果很好

有人可以帮我吗？

谢谢！

我尝试qiimer在 Win10 下从 CRAN 安装 R (3.6.2) 软件包，但失败了。然后我尝试从'qiimer_0.9.4.tar.gz'本地安装它，但也失败了。

我不明白为什么 CRAN 不再负担这个包了。我想知道如何在我的电脑上安装它？因为我需要另一个包Tax4Fun。

以下是我尝试过的命令，

(1) 从 CRAN 安装。

将包安装到“C:/Users/User/Documents/R/win-library/3.6”（因为“lib”未指定） install.packages 中的警告：包“qiimer”不可用（对于 R 版本 3.6.2）

(2) 本地安装。

将包安装到“C:/Users/User/Documents/R/win-library/3.6”（因为“lib”未指定）

错误：依赖项 'pheatmap' 不适用于包 'qiimer' 删除 install.packages 中的 'C:/Users/User/Documents/R/win-library/3.6/qiimer' 警告：安装包 'C:/Users/ User/Downloads/qiimer_0.9.4.tar.gz' 有非零退出状态

非常感谢！

张

我正在尝试重现本文的树状图结果，涉及特定的 16s rRNA 分析。

但我不知道是否有数据管理或数据分析的标准方法。所以，我一直在自己尝试。下面，总结一下。

在方法部分中说：“生成的 FASTQ 文件存放在https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA386442。随后使用 ea-utils v1 合并 MiSeq 配对末端原始序列正向和反向读取.1.2 使用标准设置，然后是 QIIME v1.9.1 的拆分库步骤和删除序列读取短于 200 个核苷酸、包含不明确碱基的读取或平均质量得分低于 30 的读取。”

因此，我使用 SRATOOLKIT 下载了 sra 文件并在终端使用了以下代码：

后来，我使用以下方法转换为 fastq 文件：

但是，对于合并步骤，我不能使用github 上包fastq-join中的函数或任何其他函数。ea-utils数据似乎没有正确的格式。

我做得好吗？我在哪里可以了解有关此类分析的更多信息？

我想运行多个名为qc.smk ,的蛇文件dada2.smk，picrust2.smk使用奇异性。然后有一个名为longitudinal.smk我想有条件地运行的蛇文件。例如，如果正在使用纵向数据。

上面的代码仅在我运行纵向数据集时才有效。但是，当我不运行纵向分析时，snakemake 会失败并说：

我想如果我能够添加一个类似的条件语句，就像我为我的外部蛇文件所拥有的那个，snakemake 不会因为不包括纵向蛇文件而吓坏我。