问题标签 [qiime]

我正在尝试安装一个名为 qiime http://qiime.org/install/install.html的程序，并且我已经按照说明完成了先决条件的安装以及构建和安装，但我被卡住了，因为 python 找不到 defaultdict 计数器。我用谷歌搜索安装 defaultdict 但我什么也没找到。你如何安装defaultdict和counter？这是我得到的错误。谢谢

我尝试在两个不同的 StarCluster AMI（它们默认的 64 位 Ubuntu 11.10 和 QIIME 1.5 映像）上升级 IPython。无论哪种情况，当我启动集群时，初始化脚本都会挂在“等待 JSON 连接器文件...”处。我登录到实例，事实上，即使 ipcluster 守护程序正在运行，它也没有将任何 JSON 文件写入 profile_default/security。

也许这是 IPython 0.12 和 0.13 放置连接器文件的位置之间的区别？或者更新的 ipcluster 可能由于某种原因挂起？它似乎没有任何有意义的日志，所以我不确定如何弄清楚发生了什么。有没有人幸运地升级了 StarCluster AMI 以使用最新的 IPython？如果是这样，你是怎么做到的？

我必须为用 python 编写的软件设计一个使用 PHP 的界面。目前这个软件是从命令行通过输入来使用的，主要是输入是一个文本文件。有一系列步骤，每一步都会调用一个 python 脚本。每一步都将一个文本文件作为输入，并在用户决定的文件夹中生成一个输出文本文件。我正在使用system()php，但看不到输出，但是当我从命令行使用相同的命令时，它会生成输出。命令示例：
python /software/qiime-1.4.0-release/bin/check_id_map.py -m /home/qiime/sample/Fasting_Map.txt -o /home/qiime/sample/mapping_output -v

I am trying to make a script file to run a python script (from the QIIME pipeline) on multiple files without typing the script every time (I have roughly 150 files and more coming).

I use a virtualbox to run an ubuntu environment.

I started by creating a file "splitvm3.sh" using gedit

This file contains :

then I used the command :

from the directory where my file is stored.

and finally I run the script by typing :

I have the error message :

Apparently it is pointing at line 4 of my file.

I totally lack the basic knowledge to understand what is going wrong. I started this whole ubuntu/python/QIIME thing 2 weeks ago and learning everything by myself. Every little bit of help would be greatly appreciated !

Seb

我正在使用 Virtual Box 并尝试在终端上运行 bwa。为了将左右读取与我使用'bwa mem'的参考对齐，它向我显示了一个错误，指出“无法识别的命令'mem'”。有没有办法可以单独获得它或其他方式？

我有一些带有字符串的文件集，这样有一个文件夹包含

并且在这些文件中有一个可变长度的字符串列表，以便文件 1 可以读取

虽然文件 2 可能只包含

我想在每个文件中的每一行添加一个文件特定的代码，这样

和

我怎样才能在unix中做到这一点？我正在使用 OSX 终端来执行命令。

我目前正在使用以下代码将一些示例代码附加到一组文件中

这会在 file1 中的每一行前面添加术语“code1”，在文件 2 中包含的每一行前面添加 code2，等等。

我真正想做的是告诉这个命令将“code1”添加到文件 1、文件 2 等中包含的每一行代码中。有没有一种简单的方法可以做到这一点？

额外的问题 - 我如何告诉这个脚本在每个文件的第 4 行添加“code1”，从第 2 行开始，以便文件 1 中的行可以读取

file2 将遵循相同的模式，但附加前缀 code2。

是否仍然可以将 .biom 表从 QIIME 转换为 QIIME 的“经典”OTU 表格式以与 Explicet 一起使用？我试过从 biom-format.org 运行命令

biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_taxonomy.txt --to-tsv --header-key taxonomy

但返回一个错误：

biom 转换：错误：没有这样的选项：--to-tsv

有任何想法吗？

我有一些看起来像这样的 txt 文件（它们包含 DNA 序列和示例代码）：

我想删除文件中每隔一行的前 15 个字符。这将从GACTACACGTAGTAT第二，第四，第六，第八行（等）中删除字符串。

例如 cut 命令可以删除每行的前 15 个字符：

我只想从第二行开始申请。

我正在尝试将 Qiime 下载到 CentOS 6.4。并且遇到了python版本的问题。我没有太多处理Linux系统的经验。

我已经在 /usr/bin/python 中下载了 python 2.6.6，我认为这是我检查时的默认 python 版本。

我尝试下载 python 2.7.6，因为程序 Qiime 只能使用 python 2.7 到 3.3 下载。我将 python 2.7.6 下载到 /usr/local/bin/python2.7

我想使用 python 2.7.6，所以我尝试了 alias python=/usr/local/bi/python2.7

但是，当我尝试使用“pip install qiime”命令下载 Qiime 时，会生成此错误：所需的分发版本 (>=0.6.28) 不可用，并且在此脚本运行时无法安装。请先使用“easy_install -U Distribute”安装更新的版本。

（当前使用分发 0.6.10 (/usr/lib/python2.6/site-packages)）

命令“python setup.py egg_info”在 /tmp/pip-build-onqyfu/matplotlib 中失败，错误代码为 2

是不是因为python的默认版本还是2.6？我应该怎么做才能修复这个错误？