问题标签 [qiime]

我试图用 qiime2R 和 ggplot2 绘制我的 PCOA，因为我发现 2D UniFrac 图比在 3D 中使用 Emperor 提供的信息更丰富。所以我遵循了qiime2R教程，但我无法添加不同的美学，我看过其他帖子，但我并不真正理解这个问题。这是我的代码。

qiime2 论坛的人帮不了我，所以也许你可以。

当我尝试编译时，我收到以下错误消息：

但是，如果我只包含 1 种美学，例如：

它确实编译。我想知道是否有一种方法可以像我一开始尝试的那样包含所有的美学。

这是我的数据

所以现在我意识到，变量的名称aes(应该shannon_entropy是shannon. 更改我收到一条新的错误消息

在此先感谢，何塞。

如何根据当前标题中的信息重命名 R 中的标题？

我的 df 看起来像：

标题：（索引；d__Bacteria.p__Actinobacteriota.c__Actinobacteria；d__Bacteria.p__Bacteroidota.c__Bacteroidia）

第 1 行：（BF13A；0；14572）

第 2 行：（BF13B；0；24215）

ETC

我想用分类信息 (d__Bacteria.) 重命名列，使其只有 c__ 之后的信息

标题：（索引；放线菌；拟杆菌）

第 1 行：（BF13A；0；14572）

第 2 行：（BF13B；0；24215）

等等。

顺便说一句，我的分类信息列多于两列，因此此类解决方案也适用于更大的 df。

为了从 qiime2 工件中提取频率表并将其写入 tsv 输出，您必须：

现在，我有七个 qiime2 工件

我想自动化这个过程，所以我只需要运行一次命令。我试过循环和 lapply 但没有运气，有人知道吗？

我使用了 2 种方法来尝试在 R-Studio 中生成基于 Unifrac 的 PCoA 图。它们看起来彼此相似，但与 QIIME 生成的截然不同。由于各种原因，我们的实验室希望能够在 R 中正确生成这些图。我可以让基于 Bray-Curtis 的图看起来与在 QIIME 中生成的图相似，所以我相信这个问题与系统发育树或Unifrac 值的生成方式。我试过使用

和

我目前正在使用在 QIIME 中生成的根树，以及在 QIIME 中生成的 OTU。知道为什么这两个图与 QIIME 生成的图有很大不同吗？我是否错过了一些我需要对价值观做出的不那么明显的调整？还是我需要对树做点什么？

另外，值得注意的是，我不是生成 QIIME PCoA 的人，所以我对那里所做的事情知之甚少。

我的数据来自通过 illumina 的 16S 基因测序，它是双端的、多路分解的，并且没有条形码。我浏览了 qiime2 导入指南，看起来我必须制作一个清单文件，但我不知道该怎么做。我的数据结构为一些 control_1_R1.fq、Control_1_R2.fq、control_2_R1.fq、Control_2_R2.fq、Data_3_R1.fq、Data_3_R2.fq、Data_4_R1.fq、Data_4_R2.fq.fq...等。如果答案不是制作清单文件，那么我还能如何将这些.fq 解复用的配对结束序列转换为 qiime2 的 qza 文件？

该代码以前运行良好。我错过了什么？谢谢你的帮助。

文件“”，$(cat samplelist.txt) 中 i 的第 1 行 ^ SyntaxError: invalid syntax