import - 如何通过清单文件将我的 .qz 文件从 illumina 测序导入 qiime2？

Question

我的数据来自通过 illumina 的 16S 基因测序，它是双端的、多路分解的，并且没有条形码。我浏览了 qiime2 导入指南，看起来我必须制作一个清单文件，但我不知道该怎么做。我的数据结构为一些 control_1_R1.fq、Control_1_R2.fq、control_2_R1.fq、Control_2_R2.fq、Data_3_R1.fq、Data_3_R2.fq、Data_4_R1.fq、Data_4_R2.fq.fq...等。如果答案不是制作清单文件，那么我还能如何将这些.fq 解复用的配对结束序列转换为 qiime2 的 qza 文件？

Answer 1

fastq.gz 文件看起来像

1. 我使用的软件版本是：Qiime2 2021.4

2. 文件类型和你的一样：paired-end demultiplexed fastq

3. / data是所有配对端读取文件所在文件夹的名称。

4. 您应该在终端中运行的代码是：qiime tools import --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' --input-path / data --input-format CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt --output-path demux.qza

5. 您不必有清单文件，但您需要有一个包含名为 Sample_ID 的列的元数据文件，通常它应该是 metadata.tsv 或 metadata.txt 文件中的第一列。元数据文件如下所示： https ://docs.google.com/spreadsheets/d/1i-0SrMP5D3-nMgnoKeP8VVvpp_aGE15-l7n5W5tiqPY/edit#gid=0