问题标签 [qiime]

我在dada2步骤运行QIIME2运动图片教程，

我之前在跑步：

并遇到了这个错误：

然后我打开文件：/tmp/qiime2-q2cli-err-52fzrvlu.log。这就是我发现的：

然后我“sudo R”并安装了 Rcpp 和 rlang 包，但是当我运行与第一次相同的代码时仍然遇到相同的错误：

qiime dada2 denoise-single \ --i-demultiplexed-seqs demux.qza \ --p-trim-left 0 \ --p-trunc-len 120 \ --o-representative-sequences rep-seqs-dada2.qza \ --o-table table-dada2.qza

我的问题的简化版本：

我有一个 OTU 表，其中包含 60 个样本点（每个样本点都有各种 OTU 的丰度），分布在三个站点：A、B 和 C。每个站点有 20 个样本。

我想为每个站点绘制稀疏曲线：A、B 和 C。我想看看这些站点的曲线是否平稳 - 检查是否从每个站点采样了“足够”的序列。

目前我正在这样做：

目前，每个采样点都被绘制为单独的曲线——这不是我想要的——我想绘制每个采样点的整体曲线。

我使用R 包 biomformat 版本 1.2.0的函数make_biom和函数创建了一个 BIOM 文件 yyy.biom 。write_biom

yyy.biom 看起来像：

BIOM 验证返回错误：

我尝试导入 QIIME 2 并收到此错误：

QIIME 2 支持建议格式 1.0.0-dev 可能导致问题。会是这样吗？如果是这样有没有办法改变格式？

谢谢！

我刚开始抨击，我已经被一个简单的 if;then 语句卡住了一段时间。我使用 bash 运行用 python 编写的 QIIME 命令。这些命令允许我处理微生物 DNA。从测序的原始数据集中，我首先必须检查它们是否与 QIIME 可以处理的格式匹配，然后才能继续执行其余命令。

如果地图很好，我希望得到以下输出（9 个字）：

如果不好（16个字）：

我想使用此输出来调节以下命令 split_libraries_fastq.py。

我尝试了许多不同版本的 if;then 语句，寻求帮助，但似乎没有任何效果。你们中的任何人都知道为什么不运行“then”命令？我也通过集群运行它。

这是我的地图很好时的输出，第二个命令没有运行：

谢谢

我正在尝试运行以下命令QIIME2 virtual machine，安装在 macbook 上，但代码不起作用

这是链接：http: //qiime.org/tutorials/tutorial.html

我收到以下消息

bash：validate_mapping_file.py：找不到命令

我是unix/linux新手qiime。我将非常感谢您的帮助...

我使用 RStudio 创建了宏基因组数据的条形图

但是我在酒吧内得到了线条。我需要没有任何线条的清晰栏。怎么做？

图书馆（“phyloseq”）；packageVersion("phyloseq")

图书馆（“生物格式”）；packageVersion("biomformat")

图书馆（“ggplot2”）；包版本（“ggplot2”）

图书馆（“phyloseq”）；packageVersion("phyloseq")

图书馆（“生物格式”）；packageVersion("biomformat")

图书馆（“ggplot2”）；包版本（“ggplot2”）

biom1 = biomformat::read_biom(biom_file = "otu_table.json.biom")

mp0 = import_biom（biom1，parseFunction = parse_taxonomy_greengenes）

tax_table(mp0) <- tax_table(mp0)[, 1:7]

treeFile1 = "rep_set.tre"

tree1 = read_tree(treeFile1)

树1

类（树1）

mp2 = merge_phyloseq(mp1, tree1) mp2 repseqFile = "seqs_rep_set.fasta"

bs1 = Biostrings::readDNAStringSet(repseqFile) names(bs1) <- gsub("\s.​​+$", "", names(bs1))

总和（名称（bs1）％in％分类名称（mp2））mp3 = merge_phyloseq（mp2，bs1）

plot_bar（mp3，“样本类型”，填充=“家庭”，标题=标题）

我正在编写一个程序来自动化一些 qiime2 命令。我想合并用户输入。

到目前为止，我有：

这很好用，因为只有两个可能的用户输入，但是当有无数可能的用户输入时，我宁愿不使用 if 语句。

这会更好：

但是qiime2给了我这个错误。还有其他方法吗？

谢谢！

我正在编写一个运行qiime 的程序。我需要程序识别用户在命令行上键入的数字，但我认为 subprocess.call 可能无法分辨数字是整数。

到目前为止我所拥有的：

运行此程序会返回错误。关于如何告诉 subprocess.call 这些是整数而不是字符串的任何想法？

谢谢！

我是 python 新手，有人帮我处理这段代码，但我想更改一些参数：

首先是图例的大小，有些时候图例很大（例如：D_0__Bacteria;D_1__Firmicutes;D_2__Clostridia;D_3__Clostridiales;D_4__Peptostreptococcaceae;D_5__Acetoanaerobium），有些时候它很短（Acetoanaerobium），所以我只想制作图例自动修复大小（图中图例不完整）！！！。

二、当指针悬停在bar的区域时出现的标签，显示对应的数据的名称和值，(hover.tooltips = [('Taxon','example: Acetoanaerobium'),('Value ','对应值示例：99')])

第三：情节（图）的位置，在中间

in 文件是一个 file.txt，制表符分隔的文件，如：

在此示例中，值不是 y 图例中所说的 %，这些值只是一个示例！！！

非常感谢 ！！！

有人对如何在 Colab 上安装Qiime2有任何建议吗？我似乎无法让它与 !pip install qiime2 一起使用。