我的问题的简化版本：
我有一个 OTU 表，其中包含 60 个样本点（每个样本点都有各种 OTU 的丰度），分布在三个站点：A、B 和 C。每个站点有 20 个样本。
我想为每个站点绘制稀疏曲线：A、B 和 C。我想看看这些站点的曲线是否平稳 - 检查是否从每个站点采样了“足够”的序列。
目前我正在这样做：
raremax <- min(rowSums(otu.table))
rarecurve(otu.table, sample = raremax)
目前，每个采样点都被绘制为单独的曲线——这不是我想要的——我想绘制每个采样点的整体曲线。
对于第二个选项，您必须按站点汇总物种计数。这将忽略站点间采样单元之间的所有差异（有些人称之为 beta 多样性），并将采样单元视为简单的重复。如果你想发布你的结果，你可能需要向审稿人证明你的方法是正确的。
使用标准R，您可以aggregate用来获取总和。以下示例使用纯素数据集mite和mite.env：
rarecurve(aggregate(mite, list(mite.env$Shrub), sum)[,-1])
这aggregate将添加您必须删除的一列，并且您将没有曲线标签。稍微曲折一点的方式也为您提供了名称：
rarecurve(sapply(mite, function(x) sapply(split(x, mite.env$Shrub), sum)))
rarecurve(t(sapply(split(mite, mite.env$Shrub), colSums))) # alternatively
为此，您的数据必须是data.frame--- 矩阵将失败。