python - bash：python：.py：找不到命令

Question

我正在尝试运行以下命令QIIME2 virtual machine，安装在 macbook 上，但代码不起作用

validate_mapping_file.py -m Fasting_Map.txt -o mapping_output

这是链接：http: //qiime.org/tutorials/tutorial.html

我收到以下消息

bash：validate_mapping_file.py：找不到命令

我是unix/linux新手qiime。我将非常感谢您的帮助...

Answer 1

要以这种方式执行 Python 脚本，您需要三件事：

1. 该文件需要为您设置可执行位。为此，请尝试使用：chmod u+x validate_mapping_file.py

2. 该文件需要以 shebang 开头，例如#!/usr/bin/env python3，它将告诉系统根据您的环境使用 python3 可执行文件运行脚本

3. 该文件需要位于PATH环境变量中的目录之一中。PATH=$PWD:$PATH您可以使用 export或 use./validate_mapping_file.py而不仅仅是添加当前目录validate_mapping_file.py（感谢@Grisha）

之后，您应该能够按照您之前尝试的方式执行脚本。